沙門菌病在許多國家都是主要的問題。沙門菌病屬細菌引起，症狀有發熱、頭痛、惡心、嘔吐、腹痛和腹瀉。引起沙門菌病爆發的食物有雞蛋、家禽和其他肉類、生牛奶和巧克力。
弧菌病廣泛傳播。它是由某些弧狀菌屬細菌引起的，在某些國家其發病例數超過了沙門菌病。引起這種食源性疾病的食物主要有生牛奶、生的或沒有完全加工成熟的禽肉和飲水。弧菌病嚴重的健康影響包括劇烈的腹痛、發熱和腹瀉。發病者中2到10成會導致慢性健康問題，如反應性關節炎（reactive arthritis）各神經係統異常疾病。
由腸出血型大腸杆菌（引起腸出血）如O157和利斯特菌引起的食源性傳染病，是過去幾十年中爆發的重要食源性疾病。雖然這些傳染病的影響範圍相對較窄，但是這些病是嚴重的，有時甚至是致命的，特別是對嬰幼兒和老年人，使他們牌最嚴重的食源性傳染病的威脅中。
致病大腸杆菌如O157可產生強烈的Vero細胞毒素，在大腸引起腸出血性傳染病，導致血樣腹瀉，或可產生危及生命的如腎髒損傷等並發症。大腸杆菌O157發作主要與牛肉、抱子甘藍、萵苣和果汁有關。
利斯特菌病是由利斯特菌屬細菌引起的，殘廢率高達30%.最覺的後果是導致腦膜炎和流產，或是胎兒或新生兒腦膜炎。許多類食物食物都可引起利斯特菌感染。經常是長期冷凍的食物使其爆發。
霍亂是發展中國家一個重要的公共衛生問題，其可造成巨大的經濟損失。這種疾病是由霍亂弧菌引起的，水和汙染的食物是感染的載體。許多食物包括大米、蔬菜、粟米粥和各種海產品都可造成霍亂的爆發。症狀有腹痛、嘔吐和大量的水樣腹瀉，如果不補充鹽水，可導致嚴重脫水和死亡。
其它食品安全問題：一些主要的例子是：天然毒素中毒，像真菌毒素、海洋生物毒素、產氰配糖和有毒蘑菇的中毒，經常引起嚴重的中毒事件。真菌毒素像黃曲黴毒素、棕曲黴毒素A在許多主食中都可檢出；長期暴露於這種毒素對人體健康的影響還沒有被很好地理解。
非常規病原體 這種病原體引起牛海綿狀腦病（BSE，也叫瘋牛病），與人類的克-雅病有關。食用含牛腦組織的產品最有可能把這種病傳給人體。
持久性有機汙染（POPs）這種化合物在環境和人體內累積。已各的例子是二惡英和PCBs（多氯聯苯）。二惡英是某些工業加工過程和垃圾焚燒中產生的多餘的副產物。暴露於POPs對人體健康有許多不利的影響。
金屬：像鉛和汞可引起嬰幼兒神經係統損傷。醫學`教育網搜集整理暴露於鎘也可導致腎髒的損傷，常見於老年人。這些金屬物質（包括POPs）可通過汙染的空氣、水和土壤汙染食物。
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