二、真菌
黴菌、酵母菌、以及大型真菌如蘑菇等皆為真菌，均屬真核微生物。它們種類繁多，形態各異、大小懸殊，細胞結構多樣。由於黴菌和酵母菌在生物學特性、研究方法、以及它們在自然界的分布和作用，對動物、植物和人類的有益、有害效應等方麵均與細菌相似，故有關真菌方麵的研究黴菌和酵母菌較為詳細。
1. 黴菌
黴菌（mold）是一些“絲狀真菌”的統稱，不是分類學上的名詞。黴菌菌體均由分枝或不分枝的菌絲（hypha）構成。許多菌絲交織在一起，稱為菌絲體（mycelium）。菌絲在光學顯微鏡下呈管狀，直徑約為2~10?m，比一般細菌和放線菌菌絲大幾到幾十倍。黴菌菌絲有兩類（圖2-26）：1）無隔膜菌絲，整個菌絲為長管狀單細胞，細胞質內含有多個核。其生長過程隻表現為菌絲的延長和細胞核的裂殖增多以及細胞質的增加。如根黴、毛黴、犁頭黴等。2）多數為有隔膜菌絲，菌絲由橫隔膜分隔成成串多細胞，每個細胞內含有一個或多個細胞核。有些菌絲，從外觀看雖然像多細胞，但橫隔膜上有小孔，使細胞質和細胞核可以自由流通，而且每個細胞的功能也都相同。如青黴菌、曲黴菌、白地黴等絕大多數黴菌菌絲均屬此類。
在固體培養基上，部分菌絲伸入培養基內吸收養料，稱為營養菌絲；另一部分則向空中生長，稱為氣生菌絲。有的氣生菌絲發育到一定階段，分化成繁殖菌絲。
黴菌在自然界分布極廣，土壤、水域、空氣、動植物體內外均有它們的蹤跡。它們同人類的生產、生活關係密切，是人類實踐活動中最早認識和利用的一類微生物。現在，黴菌在發酵工業上廣泛用來生產酒精、抗生素（青黴素、灰黃黴素）、有機酸（檸檬酸、葡萄糖酸、延胡索酸等）、酶製劑（澱粉酶、果膠酶、纖維素酶等）、維生素、甾體激素等。在農業上用於飼料發酵、植物生長刺激素（赤黴素）、殺蟲農藥（白僵菌劑）等。腐生型黴菌在自然界物質轉化中也有十分重要的作用。另外，黴菌也是造成許多食品黴變變質的主要原因。例如，據統計全世界平均每年由於黴變而不能食（飼）用的穀物約占2%，這是一筆相當驚人的經濟損失。
冬蟲夏草
又稱蟲草、冬 關於冬蟲夏草的人工栽培研究進展較快，可以利用深層發酵培養菌絲體，其培養物用幹保健品和製藥。利用深層發酵培養菌絲體，其培養物用幹保健品和製藥。
2. 酵母菌
酵母菌（yeast）是一群單細胞的真核微生物。這個術語也是無分類學意義的普通名稱，通常用於以芽殖或裂殖來進行無性繁殖的單細胞真菌，以與黴菌區分開。極少數種可產生子囊孢子進行有性繁殖。
在光學顯微鏡下，大多數酵母菌為單細胞，一般呈卵圓形、圓形、圓柱形或檸檬形。大小約為1~5×5~30 mm，最大可達100 mm。各種酵母菌有其一定的大小和形態，但也隨菌齡和環境條件而異。即使在純培養中，各個細胞的形狀、大小亦有差別。有些酵母菌細胞與其子代細胞連在一起成為鏈狀，成為假絲酵母（圖 2-27）。
酵母菌與人類生活關係也十分密切，在釀造、食品、醫藥工業等方麵占有重要地位。另外，酵母菌細胞蛋白質含量高達細胞幹重的50%以上，並含有人體必需的氨基酸，所以酵母菌可以成為食品和飼料的重要補充。當然，酵母菌也常給人類帶來危害。腐生型酵母菌能使食品、紡織品和其它原料腐敗變質，少數嗜高滲壓酵母菌如魯氏酵母（Saccharomyces rouxii）、蜂蜜酵母（Saccharomyces mellis）可使蜂蜜、果醬敗壞；有的酵母菌還可引起人和植物的病害。例如白假絲酵母（Candida albicans，又稱白色念珠菌）可引起皮膚、粘膜、呼吸道、消化道以及泌尿係統等的多種疾病。而新型隱球酵母（Cryptococcus neoformans）還能引起慢性腦膜炎、肺炎等疾病。
三、藻類
藻類（algae）是指除苔蘚植物和維管束植物以外，基本上有葉綠素，可進行光合作用，並伴隨放出氧氣的一大類真核生物，它們大多屬於隻有通過顯微鏡才能觀察到個體形態的微生物。但也有一些藻類個體很大，例如大的海藻可長達若幹英尺。
藻類的大小、形態有很大差別（圖2-28），許多是單細胞的，也有些藻類是單細胞的群體。有些群體可以是由分裂後單個的、相似的細胞互相粘連而成的簡單聚集，也可能是由具有特殊功能的，分化了的不同細胞所組成，它們變得很複雜，而且表麵結構類似於高等植物。
藻類在自然界，特別是各種水體中廣泛存在，常常是影響水質的重要原因。例如有些自來水的怪味就是在供水係統中生長的藻類引起的，而藻類在近海的大量繁殖，也會由於水中氧氣的大量消耗而引起魚類和其它海洋生物的窒息、死亡，形成對漁業生產影響極大的赤潮。
四、原生動物
原生動物（Prokaryote）是一類缺少真正細胞壁，細胞通常無色，具有運動能力，並進行吞噬營養的單細胞真核生物。它們個體微小，大多數都需要顯微鏡才能看見。
原生動物在自然界，特別是海水、淡水中大量存在，它們也與各種動植物在不同組織水平上形成共生體，有些對宿主無害，有些對宿主有利，有些對宿主有害。也有一些原生動物能引起人類疾病。
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