二、汙染的種類及形式
1. 汙染的形成
依據汙染的來源，可將汙染分為三個形式：
a.由植物內部或病原菌所造成的汙染
植物內部或病原菌所造成的汙染，所呈現是係統性，及從stageo~stage4中都可發現，而且占有一定的百分比。
a. 在製造時所造成的汙染
如因蹣或是空氣中的關係造成的汙染，其所表現的方式是散亂（random）性非係統性，且不集中於某一地方，占的百分比也不一定，是機率性。
b. 技術上的失誤
其呈現方式有一定性，例如由此工作台所生產得植株都被汙染，表現為帶狀性，可用卷標方式來追蹤，以進而改善。
2. 汙染的來源分類
A.汙染的種類，以總體來說可分為下列幾種：
a.病毒(virus)－常存在植物內部。
b.(viroids)常存在植物內部
c.細菌－在組織培養中又分依其來源和所在地方分類如下：
(a) phlem-eimited生長於韌皮部
xylem-eimited生長於木質部
(b)植物病原細菌
(c)空氣中存在的細菌，但因植物有傷口，或是營養豐富的地方，可分為植物表麵的細菌或植物內部的細菌。
例如：Bacillus spp.可抗熱，在不完全滅菌的玻璃器皿中可發現。
(d)菌質體
是一種像細菌的微生物，但是本身沒有細胞壁，可以在培養基培養，亦可用特殊的抗生素（四環黴素）抑製其生長。其種類有microplasm與spiroplasm。
(e)真菌
在植物病害中，真菌所引起的病害特別多且嚴重，且因其會產生孢子，所以會隨著空氣飄散。一旦落於適當的環境下，一粒小小的孢子便會擴大成一個菌落，汙染整個組織培養瓶。例如常見的酵母菌，其菌落為粉紅色，若有其出現，則其汙染來源可能來自空氣。
(f)蹣或薊馬
此為細小的微生物，具有活動能力，喜歡吃菌絲。在國內使用期限較久的組培場中常出現此問題。
(g)立克次體
目前未清楚其汙染方式。
B.以培養難易區分汙染源
1. 在培養基中易培養菌類
細菌，真菌，蹣。
2. 在培養基中不易培養的菌類
病毒，類病毒，立克次體，菌質體。
在組織培養過程中，常造成汙染或是造成威脅的菌類，稱為培養菌類。因常為腐生菌，且營養需求不高（隨便吃，隨便活）所以常造成成本的增加。而且汙染後，常使培養基的pH值降低，洋菜無法凝結，而使植物無法生長或是產生有毒物質或副產品，使得植物生長緩慢，或是幹脆就在植物上生長。在培養基上不易培養或是不能培養的菌種，就不會造成太大的威脅。
C.各種菌種其主要傳播方式
1. 病毒，類病毒，菌質體－常利用機械或利用有載體傳播。
2. 細菌－可經人力，氣流或水，及昆蟲等傳播。
3. 真菌－亦同上，但孢子可經空氣傳播。
4. 薊馬－同上，具活動力，自由運動，應慎防出現。
D.依其菌落生長出現的快慢區別
1. 可見的菌落在組織培養中。一些易培養的菌類，其生長特性為快速蔓延整個組培瓶。但此種汙染可利用工作人員之視覺觀察將之偵測出來將之銷毀，對後代植株造成威脅不大。
2. 潛藏的菌落－在組織培養中有些不易培養或是在植物內部寄生或共生的菌類或病原菌，在培養時沒有表現出來，但是有存在或隻有很微弱的表現，但是未被察覺出來。於是便造成了對後代植株的重大威脅及成本的增加。
其汙染未明顯表現出的原因有下列幾項：
a在培養基中含有抗生素，則菌類不易生長。.
b.在培養基中，因植物本身的汁液含有某些特殊的成分例如：單寧酸，因此抑製菌類表現。
c.培養基成分不適合其大量表現，可能因營養需求不同。
c. 本身菌類生長方式不同：
例如病毒為絕對寄生菌，無法在一般培養基中培養。
E.依其植物棲息的地方分為：
1. 植物表麵棲息的菌類
如：細菌，真菌。
2. 在植物內部共生寄生的菌類：
如：病毒，類病毒，細菌，真菌，菌質體。
3. 在大氣中遊移的菌種
細菌，真菌，蹣。
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