一、在組織培養中汙染來源
1. 植物本身具有：
（1）植物病原菌
有些作物的病害已被透徹研究，因此在大量繁殖時，可立即檢查出來，但有些則否，造成若有汙染時，不知來源為何。
（2）和植物有關的菌類
有修植物本身便會和一些菌種共生，或是寄生於植物內部。
2. 植物所帶入的汙染：內在汙染源
許多植物表麵或大氣中生存的微生物，可經由植物自然的開口或傷口進如植物內部，而有一些兼性腐生菌或絕對寄生菌，可藉由載體或是擁有一些侵入的機製侵入植物內部，依其存在的地方分為
1. 細胞內－inter
2. 細胞間隙－interacellular
種類有：virus病毒、viroids類病毒、prokarytoes原核生物、fungi真菌、柔膜綱（ex:mite）、立克次體。
3. 操作室：外在汙染源
在組織大量培養下，除了植物本身外，大部分最有可能的汙染來源便是來自操作室。依其可能原因分析為：
（1）空氣
在操作室中，未過濾空氣帶有大量的微生物，隨者操作人員或植株接觸時，而汙染培養皿。故在國外對於操作室內空氣的清潔度分為四種等級：
ClassⅠ.沒有容易培養的微生物，和作物之主要病原菌
Ⅱ.沒有容易培養的微生物，和作物特殊病原菌
Ⅲ.沒有容易培養的微生物
Ⅳ.未做檢測
（2）不完全的滅菌設備或技術
因為使用滅菌不完全的設備或是技術，而導致植株或培養皿的汙染，例如：有些酵母菌，可避免酒精消毒，還有一些會產生內孢子，而避免火焰消毒。
（3）人員
在整個操作室內，人員可說是最大的帶菌者，其不管在毛發或是衣服等，都隱藏屬不清的菌。在進入操作室前，最好能將作業人員清潔處理，然後換上脫鞋，或是將塵土去掉。
（4）細縫的存在
因為若操作室有細縫的存在，則造成外果氣體直接流入，使得空氣中菌數增加。
（5）操作台上的濾網不幹淨
因為使用過久，或不當保養，而造成濾網壞掉，而產生更多的汙染。
（6）蹣及薊馬的存在
此為珠形網，具有活動能力，能到處跑來跑去。因此常造成散亂的汙染。
4.栽培過程汙染
在栽培室，組培瓶外和外界氣體交換時，亦會有汙染進入。汙染機率取決於空氣中帶菌密度與組培瓶空氣交換率。
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