農作物在生長、收割、加工、儲藏及運輸過程中都有可能感染真菌毒素。其中收割前的關鍵控製點有：作物的灌溉、作物的翻轉和殺蟲劑的利用；收割後階段的關鍵控製點中正確的幹燥方法是所有關鍵控製點中最關鍵的；另外在儲藏和運輸過程中應保持產品環境中的合理濕度。從儲藏運輸到最後的加工之間的所有階段必須被檢驗以免真菌毒素汙染。
加工過程中，由於加工環境的衛生狀況的限製、長期處於較差環境、缺乏冷凍、加入受汙染添加劑、與汙染過的儀器設備接觸、包材不佳等原因，都有可能會引入汙染。因此，加工工廠也是我們需要監控的對象。在整個HACCP體係實施過程中，建立一個分析實驗室，專門進行持續性的、準確的分析研究真菌毒素，以確保我們作出準確的結論，對毒素進行控製。
真菌毒素與其它毒物的顯著不同在於其廣泛而微量的存在。對於一個普通人，生活中不可能完全避免接觸真菌毒素，而這種毒素的危險性恰恰在於微量的長期暴露。對於微量毒素而言，沒有明確的劑量界限，沒有明顯感染的的起始時間，因此不可能進行前瞻性觀察，甚至連非同步觀察也幾乎不可能。而且這種毒素的分布特點，除微量、長期之外，還存在無規律性，這使得我們更難進行流行病學研究。
真菌毒素的汙染不像微生物毒素的汙染，後者的毒性會很快的表現出來，而真菌毒素的汙染一般情況下無明顯的中毒症狀，長期攝入特定的低水平的真菌毒素會導致慢性的疾病（如癌症）。食用的糧食、食品常被真菌甚至真菌毒素汙染，因此，必須加強糧食作物的防黴除毒措施，改良食品的保管條件和方法。由於真菌毒素攝入不會產生明顯症狀，故現在還未對毒素產生的潛在問題進行足夠的重視。
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