汙染問題是組織培養過程中常見的而且也必須給予高度重視的一個問題。汙染率達20％很常見，有時甚至高達50％。經分析，組織中的汙染來源可分成三大類：第一類是材料帶菌，第二類是接種汙染，第三類是培養過程感染。材料帶菌就是選用的外植體因過大等原因本身帶有病菌，或繼代培養的材料本身帶有病菌。針對這種情況，要求初代接種時使用大小適宜的外植體，在繼代的培養中，每次繼代之前都要對繼代的材料進行仔細檢查，凡是汙染的材料應予以丟棄。接種汙染是由於在接種過程中將病菌傳入培養材料而造成的。引起接種汙染可能有三個原因：第一是由於超淨工作台濾出的空氣中帶菌超標造成的，屬於這種情況要及時修理或更換超淨工作台；第二是由於交叉汙染造成的，針對這種情況，要求接種者操作細心，接種用的鑷子不要與酒精燈、台麵等接觸，一旦接觸應立即進行消毒處理，同時各瓶材料接完時要對鑷子進行消毒；第三種是由接種者呼吸等原因造成的，針對這一點，要求接種者在接種時應用酒精棉擦手，穿上無菌的白大衣，帶上口罩和帽子。
在材料培養的過程中，如果環境中病菌多、濕度大、溫度高，同樣會使培養的材料汙染。這就要求我們要經常進行清潔衛生，對培養空間定期進行消毒處理，及時清除汙染材料，轉移繼代材料。
有時候高壓滅菌不徹底，會造成嚴重汙染，這點也很關鍵。
褐變問題
組織培養中的一大問題是初代培養中外植體易於褐變。從我們的經驗和別人研究結果看可采取以下方法：①初代培養時，剝取組織塊最好能夠在無菌水中進行；②初代培養采用液體培養比用固體培養效果好；③在培養基中單獨或複合使用防褐變物質：芸香苷50-100毫克/升、20%硫代硫酸鈉溶液5毫升/升、檸檬酸0.05-0.5%、活性炭1
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