對水環境監測的指標主要有化學需氧量（COD），生物需氧量（BOD），固體懸浮物（SS），TOD，NOD，細菌衛生學指標（大腸杆菌）等。
COD是指在一定條件下，用強氧化劑處理水樣時所消耗氧化劑的量，以氧的毫克/升來表示。它是度量廢水中還原物質的重要指標。
BOD是指在20度下培養5天測定的溶解氧的消耗量，它反映了廢水的可生化程度。
固體懸浮物（SS）是指水中不能通過過濾器的固體物質。
TOD是指有機碳、NH4＋和有機氮被氧化過程中所消耗的總氧量。
NOD是指樣品中含氮化合物在被微生物氧化過程中所消耗的氧氣量，一般是測定總氮量。
對水體中微生物的檢測主要集中在病原微生物的檢測上，如沙門氏菌屬、霍亂弧菌及各類容易引起疾病的病毒。通常對飲用水來說，檢測大腸杆菌的數量以確定水被糞便的汙染程度。
對廢水中具體的有毒物質的檢測需要按照物質的不同進行不同的檢測實驗。如對致癌物質可采用艾姆斯實驗檢測。對各種農藥等化學物質也要參考有關的具體方法。
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