目前，感染性疾病的表現呈四項特點：
①新的病原體及其所致的機關報的感染疾病患不斷出現。
②許多傳統的老病原體出現了臨床新問題，對實驗診斷提出了新的要求。
③新老病原體的耐藥性明顯增強，不僅帶來治療上的困難，也向實驗診斷提出了挑戰。
④臨床微生物學診斷技術的不斷進步，明顯提高了診斷的敏感性，特異性和及時性。
臨床微生物學檢驗麵臨的主要任務是：
1 及時、準確的病原菌診斷
1．1 提高送檢標本質量
①痰標本：由於痰標本絕大多數仍以自然咳痰方式采取，因而易受上呼吸道分泌物汙染，因此，確定痰標本的質量非常重要。根據痰塗片鏡檢中的白細胞，鱗狀上皮的量來判定標本是否合格。
②膿及分泌物標本，取材不好往往培養出多種細菌，少則2~3種，多則6~7種，實際這些細菌並非引起感染的真正原因，而多是在創麵上生長的雜菌，因此一定要采深部分泌物，必要時采取創麵和健康部位過渡地段的少量組織進行培養。
③中段尿標本：“中段尿”培養結果往往和臨床不符，其原因，一是病人未經消毒，直接留取標本，二是尿液不做細菌計數，而以培養結果為準，因而造成假陽性；三是尿液標本未能及時送到實驗室，尿液中營養物質豐富，使得汙染菌大量繁殖，造成細菌菌數假性增高，致使得出錯誤的病原學診斷。
1．2 得高苛養菌的檢出率 引起呼吸道疾病的苛養菌有：流感嗜血杆菌、肺炎鏈球菌、β-溶血性鏈球菌、腦膜炎奈瑟氏菌等。從咽拭子，腦脊液和血液等標本中很難分離出這些苛養菌。因此苛養菌的分離監定，藥敏試驗，不僅是臨床迫切需要，而且是衡量一個細菌室技術水平和人員素質的重要標誌。
1．3 厭氧菌培養 由於諸多因素造成開展厭氧菌檢驗不廣泛、不深入。實際上臨床厭氧菌感染範圍廣、感染率高，近年資料表明，肌壞死，腹膜炎等厭氧菌感染率分別高達100%，94%，如果不開展厭氧菌培養，就漏掉了感染的病原菌、延誤治療。
1．4 做好在職人員培訓和再教育 這關係到學科的發展和梯隊建設，並與提高臨床微生物檢驗的質量和水平密切相關，應積極鼓勵青年技術人員掌握本學科的新動向，新知識和新技能，要製訂明確的培養計劃和目標，並定期進行理論和操作技能考試，為進一步與國際拉軌，實行實驗室認證和操作人員資格認定做好準備。
1．5 做好臨床微生物質量控製工作 質量控製是臨床微生物學檢驗的質量保證，我們要從標本質量、檢驗人員的操作質量及實驗所作儀器和試劑質量、結果解釋和報告等入手，堅持不放過每個影響質量的環節。
2 醫院感染的監控 醫院感染的監測包括：病人的準確統計、病原體和耐藥性的精確分析、消毒滅菌的質量控製、危險因素的相關分析，相關病區重點監測，醫院感染爆發流行的及時發現和控製以及病人、醫護人員和環境的消毒隔離。
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