細菌的特殊結構包括莢膜、鞭毛、菌毛和芽胞。
莢膜的作用：保護細菌免受宿主吞噬細胞的吞噬，減少或避免體內溶菌酶、補體、抗菌抗體及抗菌藥物等殺菌物質對細菌的損傷，因而是構成細菌致病力的重要因素；莢膜成分具有較強的抗原特異性，據此可對細菌進行鑒別和分型。
鞭毛的功能：鞭毛是細菌的運動器官；抗原性；致病性；趨化性。
根據菌毛的功能，可將菌毛分為普通菌毛和性菌毛。普通菌毛是細菌的粘附結構，細菌可借普通菌毛牢固粘附於易感細胞上，與細菌的致病性密切相關；性菌毛與某些細菌遺傳物質的傳遞有關。
芽胞的功能與作用：芽胞的形狀、大小及其在菌體中的位置隨菌種不同而異，可用以鑒別細菌；芽胞對各種理化因素都有很強的抵抗力；由於芽胞的抵抗力強，滅菌時，均要以殺滅芽胞為標準。
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