鮮肉中的微生物來源廣泛，種類甚多，包括真菌、細菌、病毒等，可分為致病性微生物、致腐性微生物及食物中毒性微生物三大類群。
一)致腐性微生物
致腐性微生物就是在自然界裏廣泛存在的一類營腐物寄生的，能產生蛋白分解酶，使動植物組織發生腐敗分解的微生物。包括細菌和真菌等，可引起肉品腐敗變質。
1、細菌 是造成鮮肉腐敗的主要微生物，常見的致腐性細菌主要包括：
革蘭氏陽性產芽胞需氧菌：如蠟樣芽胞杆、小芽胞杆菌、枯草杆菌等；
革蘭氏陰性無芽胞細菌：如陰溝產氣杆菌、大腸杆菌、奇異變性形杆菌、普通變形杆菌、綠膿假單胞杆菌、熒光假單胞菌、腐敗假單胞菌等；
球菌：均為革蘭氏陽性，如凝聚性細球菌、嗜冷細球菌、金黃八聯球菌、金黃色葡萄球菌、糞鏈球菌等；
厭氧性細菌：如腐敗梭狀芽胞杆菌、雙酶梭狀芽胞杆菌、溶組織梭狀芽胞杆菌、產芽胞梭狀芽胞杆菌等。
2、真菌：
真菌在鮮肉肉中不僅沒有細菌數量多，而且分解蛋白質的能力也較細菌弱，生長較慢，在鮮肉變質中起一定作用。經常可從肉上分離到的真菌有：交鏈黴、麴黴、青黴、枝孢黴、毛黴，芽孢發黴，而以毛黴及青黴為最多。
二)致病性微生物 主要見於細菌和病毒等。
1、人畜共患病的病原微生物 常見的細菌有炭疽杆菌、布氏杆菌、李氏杆菌、鼻疽杆菌、土拉杆菌、結核分枝杆菌、豬丹毒杆菌等。常見的病毒有口蹄疫病毒、狂犬病病毒、水泡性口炎病毒等。
2、隻感染畜禽的病原微生物
常見的有多殺性巴氏杆菌、壞死杆菌、豬瘟病毒、兔病毒性出血症病毒、雞新城疫病毒、雞傳染性支氣管炎病毒、雞傳染性法氏囊病毒、雞馬立克氏病毒、鴨瘟病毒等。
三)中毒性微生物
有些致病性微生物或條件致病性微生物，可通過汙染食品或細菌汙染後產生大量毒素，從而引起以急性過程為主要特征的食物中毒。
1、常見的致病性細菌 有沙門氏菌、誌賀氏菌、致病性大腸杆菌等；
2、常見的條件致病菌 變形杆菌、蠟樣芽孢杆菌等。
3、毒素型中毒菌 蠟樣芽胞杆菌、肉毒梭菌，魏氏梭菌等。
4、常見的致食物中毒性微生物 鏈球菌，空腸彎曲菌、小腸結腸炎耶爾森氏菌等。
5、一些真菌 麥角菌、赤黴、黃曲黴、黃綠青黴、毛青黴，冰島青黴等。
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