鞭毛菌類(Mastigomycotina)

除廣義的粘菌和細菌外，真菌則分為擔子菌、子囊菌、接合菌和鞭毛菌等，都各成亞門。鞭毛菌類是生殖細胞有鞭毛的一類真菌，作為這一類菌的統稱，此名是很適宜的，但它們的鞭毛的遺傳特性卻各式各樣，因此也很難於係統地歸納。一般被劃為這樣的幾個獨立類群，即壺菌、絲壺菌類和卵菌類。此外，有時也把根腫菌綱也包括在鞭毛菌中，但一般認為它屬於粘菌類，另也有人把它作為一個獨立的類群。