生物名稱分兩類，一類是區域性的俗名（vernacular name）；另一類是國際上統一使用的名稱，即學名（scientific name）。
俗名是一個國家或地區使用的普通名稱，如我們把引起人結核病的細菌叫“結核杆菌”，而英語稱“tubercle bacillus”，而俄語則稱“tyбepkyлёзная палочка”。俗名的優點是在一定的區域內通俗易懂便於記憶，但俗名有局限性，尤其是不便於國際間的交流。所以為了使生物分類單元的名稱能在國際上通用，就需要製定一個為各國生物學工作者共同遵守的命名法則，即國際生物命名法規，來管理生物分類單元的命名，以確保生物名稱的統一性、科學性和實用性。現在分別由國際動物命名法規、國際植物命名法規和國際細菌命名法規來分別管理各類生物的命名。據報道，目前正在製定適用於各類生物的統一的國際生物命名法規，預計新的統一的生物命名法規到2000年正式實施，下麵以細菌為例簡要介紹有關微生物命名的基本常識。
1.分類單元的命名 所有正式分類單元（包括亞種和亞種以上等級的分類單元）的學名，必須用拉丁詞或其他詞源經拉丁化的詞名。 ⑴ 屬名 屬名用一個單數主格名詞或當作名詞用的形容詞來表示，可以是陽性、陰性或中性，首字母要大寫。例如，Bacillus（芽孢杆菌屬）（陽性），拉丁詞，原意為“小杆菌”因該屬菌有芽孢而譯為?把挎吒聳艟保籆lostridium（梭菌屬）（中性），源於希臘詞，原意為“紡錘狀菌”；Salmonella（沙門氏菌屬）（陰性），以美國細菌學家D.E.Salmon的姓氏命名。 ⑵ 種名 和其他生物一樣，細菌的種名也用雙名法（binomial nomenclature）命名，即種的學名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。第一個次為屬名，首字母要大寫；第二個詞為種名加詞，常用形容詞（要與屬名性別一致），也可以用人名、地名、病名或其他名詞（名詞用主格或所屬格形式），種名加詞首字母不大寫。例如，Pseudomonas aeruginosa（銅綠色假單胞菌），其中，Pseudomons是屬名（假單胞菌屬）（陰性）；aeruginosa是種名加詞，是拉丁語形容詞（陰性），原意為“銅綠色的”；Mycobacterium tuberculosis（結核分枝杆菌），其中 Mycobacterium是屬名（分枝杆菌屬）係希臘詞源的複合詞（中性），tuberculosis是種名加詞，是希臘詞和拉丁詞綴合成的名詞所屬格形式，意為“結核病的”；Bacillus thuringiensis（蘇雲金芽孢杆菌），其中 thuringiensis是種名加詞，它是德國地名Thuringia的拉丁語所屬格形式。當泛指某一屬細菌而不特指該屬中任何一個種（或未定種名）時，可在屬名後加sp.或spp.（某些微球菌）。 ⑶ 亞種名亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構成。例如： Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans 屬名 種名加詞 subspecies 亞種名加詞 （產堿杆菌屬）（反硝化的） 的縮寫（亞種） （氧化木糖的） 該亞種名可譯為:反硝化產堿杆菌氧化木糖亞種. ⑷ 屬級以上分類單元的名稱 亞科、科以上分類單元的名稱，是用拉丁或其他詞源拉丁化的陰性複數名詞（或當作名詞用的形容詞）命名，首字母都要大寫。其中細菌目、亞目、科、亞科、族和亞族等級的分類單元名稱都有固定的詞尾（後綴），其詞尾的構成及例子見表12-4。 此外，在分類單元名稱的後麵還可以附上命名人的姓名和命名年號。例如Staphylococcus aureus Rosenbach 1884，這表明該菌（金黃色葡萄球菌）是由Rosenbach 1884年命名的。屬、種和亞種等級的分類單元的學名在正式出版物中應用斜體字印刷，以便識別。
2. 命名模式及其指定 如前所述，由於細菌分類單元的劃分缺乏一個易於操作的統一標準，為了減少因采用不同標準界定分類單元所造成的混亂，細菌係統分類也像其他生物分類一樣采用“模式概念”。即根據命名法規要求，正式命名的分類單元應指定一個命名模式（簡稱模式）作為該分類單元命名的依據。種和亞種指定模式菌株（type strain）；亞屬和屬指定模式種（type species）；屬以上至目級分類單元指定模式屬（type genus）。因此，當某一菌株被鑒定為一個新種或新的亞種時，該菌株就應指定為該種或該亞種的模式菌株；如果有幾個菌株同時被鑒定為一個新種或亞種，則必須指定一個較有代表性的菌株作為該種或亞種的模式菌株。模式菌株應送交菌種保藏機構保藏，以便備查考和索取。模式種和模式屬的確定也大體如此。
3. 新名稱的發表 根據細菌命名法規的規定，有效發表新的細菌名稱應在公開發行的刊物上進行，在菌種目錄、會議記錄、會議論文摘要的均不能視為有效發表。此外，若新名稱是在國際係統細菌學雜誌（IJSB）以外的其他雜誌上發表的，要取得國際上承認和學名優先權，還必須經過新名稱的合格化發表，即將有效發表的英文附本送交IJSB審查，被認為合格後，在該雜誌上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否則不算合格發表，也不能取得國際上的承認。發表新名稱時，應在新名稱之後加上所屬新分類等級的縮寫詞，如新目“ord.nov.”、新屬“gen.nov.”、新種“sp.nov.”等。例如，Pyrococcus furiosus sp.nov.表明該菌（猛烈火球菌）是一個新發表的種。
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