自然界中微生物資源異常豐富，土壤、水、空氣、腐敗的動植物殘骸，都是微生物的主要集居和生長繁衍的場所。其種類之多，至今仍然是一個難於估測的未知數。以其集居環境（包括特殊和極端環境）、營養類型、生存方式、生理類型、代謝途徑、合成能力等比較，均居生物界之冠。因此，微生物資源的開發和應用是當今世界矚目的重大課題。
菌種的分離，不僅是把混雜的各類微生物有效地分開，得到純種，更重要的是依著生產實際的要求，有的放矢、快速、準確地將能產生所需產物，或具有某種生化反應性能的菌種，從大量的微生物中挑選出來。有時是設計一種在分離階段便能識別所需菌種的方法，更多的是利用特定的方法分離，獲得所需菌種後，再進行識別。為了使獲得的菌種能滿足工業生產的需要，須考慮各種性能指標。因此，菌種分離和篩選的方法和策略就十分重要。
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