福建省東北部的福鼎縣早在20世紀的60年代初期就發現了一種水稻莖節部腐爛並伴有惡臭的新病害，就其症狀判斷，其病原極可能是一種細菌。沿海平原稻區、低窪田、受淹田發病尤重，晚稻發病重於早稻。若在苗期發病，有可能萌發再生分蘖，拔節期發病則形成枯穗，一般產量損失為10％～20％。限於當時的技術水平，籠統地稱該病為“水稻基腐病”，並常將其與水稻小球菌核病、惡苗病甚至紋枯病相混淆。
20世紀90年代初期，相繼有文獻報道在我國發現了一種稱為“細菌性基腐病”的水稻新病害，該病發展很快，目前已遍布我國江蘇、上海、浙江、福建、廣東、湖南、湖北、廣西、雲南和安徽等南方稻區。通過認真的調查分析，可以肯定，福鼎縣上世紀60年代初發現的水稻“基腐病”實為“水稻細菌性基腐病”。近年來，不僅福鼎沿海平原稻區發病普遍，隨著雜交水稻的推廣，施肥水平和密植程度的提高，山區單季稻的發病也日趨嚴重。除福鼎市外，近年來在福建省三明市的尤溪、大田、建寧等縣區相繼報道發現此病，造成重大損失。迄今國內有關水稻細菌性基腐病的資料不多，且報道結果差異較大。
華南農業大學的劉瓊光和曾憲銘，1999 年通過一係列的細菌學性狀和致病性試驗，鑒定出廣東省水稻細菌性基腐病的病原為菊歐氏杆菌玉米致病變種（Erwinia chrysanthemi pv．Zeae），並對該病原菌的生物學特性進行了進一步的研究。病菌生長的最低溫度為
雲南農業大學陳建斌和周惠萍 等2000年從雲南省楚雄市采到水稻細菌性基腐病標本，經病害症狀觀察、細菌分離培養、生理生化和形態學觀察，初步鑒定該病的病原亦為菊歐氏杆菌的玉米致病變種（E. chrysanthemi pv .zeae）。
菊歐氏杆菌是一種重要的廣寄生性植物病原細菌。根據歐洲和地中海植物保護組織(EPPO) 的資料，菊歐氏杆菌的所有菌株現已遍布全球的溫暖地區，為害多種植物。對於該病原的學名，長期以來一直比較混亂，EPPO 在其植物病蟲檢疫名單中，列出與菊歐氏杆菌同種異名的四個學名：
Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. f.sp. parthenii Starr，
Pectobacterium parthenii (Starr) Hellmers，
Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. var. chrysanthemi (Burkholder et al.) Dye
在查閱資料時，尤其是較早期的資料，一旦見到上述學名，就當將其視為菊歐氏杆菌。
1984年Lelliott 和 Dickey根據寄主專化性，將貝捷氏細菌分類手冊中的菊歐氏杆菌分為6個致病變種（pathovars 縮寫為pv ）即：
E. chrysanthemi pv. chrysanthemi
E. chrysanthemi pv. zeae
E. chrysanthemi pv. dianthicola
E. chrysanthemi pv. paradisiaca,
E. chrysanthemipv. parthenii
1990年Ngwira, N.和Samson, R.建議將菊歐氏杆分為9個生物變種（biovars）。
菊歐氏杆菌的寄主範圍極廣，現已知其寄主有玉米、水稻、高粱、甘蔗、馬鈴薯、茄子、辣椒、洋蔥、蔥、芋、紅薯、香蕉、芹菜、白菜、胡蘿卜、石竹、菊花、大麗花、菠蘿、大戟、喜林芋、高涼菜、小豆蔻等多個科屬的幾十種植物。從玉米和馬鈴薯分離出的菌株表現為“多寄生性”（polyphagous），能侵染多種植物；而從喜林芋和高涼菜分離出的菌株則表現為對溫度要求的差異。菊歐氏杆菌寄主專化性至今尚未被最終證實。因此華南農業大學的劉瓊光和曾憲銘（1999）和雲南農業大學的陳建斌和周惠萍等（2000）按照1984年Lelliott 和 Dickey根據菊歐氏杆菌寄主的專化性劃分為6個致病變種的標準，將我國水稻細菌性基腐病的病原定為菊歐氏杆菌玉米致病變種的結論尚有待最後證實。
菊歐氏杆菌為害的典型症狀是造成植物軟腐和萎蔫。水稻細菌性基腐病的症狀主要表現在水稻的節部和莖基部，其獨特症狀是病株根節變為褐色或深褐色腐爛；若在水稻分蘖期發病，常在近土表莖基部葉鞘上產生水浸狀橢圓形斑，漸擴展為邊緣褐色、中間枯白的不規則形大斑，剝去葉鞘可見根節部變黑褐，有時可見深褐色縱條，根節腐爛，植株心葉青枯變黃,伴有惡臭；若在拔節期發病 葉片自下而上變黃，近水麵葉鞘邊緣褐色，中間灰色長條形斑，根節變色伴有惡臭；若在穗期發病,病株先失水青枯，後形成枯孕穗、白穗或半白穗，根節變色有短而少的側生根，伴有惡臭。水稻細菌性基腐病常與小球菌核病、惡苗病、還原性物質中毒等同時發生，病株伴有惡臭可將其與其他真菌性病害區別開來。
目前國內尚缺乏有關水稻細菌性基腐病發病規律的係統科研資料。一般根據田間觀察，病菌能在病稻草和田間病殘以及田邊的野生寄主上越冬，種子帶菌也可能成為初侵染來源。病菌從葉片上的水孔、葉鞘和根係傷口侵入，形成係統感染，在水稻的整個生育期可以重複侵染。早稻在移栽後開始出現症狀，抽穗期進入發病高峰。晚稻秧田即可發病，孕穗期進入發病高峰。輪作、直播或小苗移栽稻發病輕。偏施或遲施氮素，稻苗嫩柔發病重。地勢低窪、受水淹、粘重土壤發病重。晚稻發病重於早稻。
國外文獻報道，菊歐氏杆菌可於植物的殘體中，在土壤中存活傳播，可在牲畜的糞便中存活10周，在兩茬作物之間實現連續發病；帶菌的植物繁殖材料可實現遠距離的跨國傳播。高濕和流水有利病害的傳播，病害的發展取決於25°C ～30°C左右的高溫。
嚴格注意田間衛生，及時清除田間病殘；廄肥必須經過充分發酵腐熟；做好種子消毒處理，培育無病秧苗是防治水稻細菌性基腐病的最關鍵措施。此外，選用抗病和耐病良種，如四梅2號、廣陸矮4號、矮粳23、浙福802、農林百選、鹽粳2號、武香粳、汕優6號、雙糯4號、中粳574、南粳34、二九豐、汕優63、武育粳2號等；加強管理，勿使病田水向其他田塊串灌；勿使稻田受水淹；發病初期及時噴施適當濃度的噻菌銅、鏈黴素、強氯精、葉枯寧等措施均能有效防治病害減輕損失。
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