所謂細菌冶金，就是利用某些自養型細菌在浸出劑中的作用，從貧礦中富集某些金屬元素的過程。
1951年有人從煤礦的坑水中分離出了一種氧化鐵硫杆菌。它能促使用權硫酸亞鐵氧化成硫酸鐵，促使黃鐵礦(FeS2)氧化成硫酸鐵和硫酸。後來又發現了能把礦物中的硫或硫化物氧化成硫酸的氧化硫杆菌。而硫酸和硫鐵能將某些礦石中金屬元素轉化成相應金屬的的硫酸鹽。
在多金屬硫化礦床中通常都含有黃鐵礦。在有水和空氣的條件下。黃鐵礦受氧化鐵硫杆菌的催化作用生成的Fe2(SO4)3的H2SO4對某些金屬礦物是良好的浸出劑。例如黃銅礦可被Fe2(SO4)3的酸性溶液浸出的反應可表示為CuFeS2+2Fe2(SO4)3+3O2+2H2O=CuSO4+5FeSO4+2H2SO4，而在氧化鐵硫杆菌作用下，FeSO4又轉化為Fe2(SO4)3:4FeSO4+2H2SO4+O2=2Fe2(SO4)3+2H2O，因此浸出反應可循環進行。往浸取所得含硫酸銅的溶液中投入鐵，可把鉛置換出來，生成海綿銅。再經精煉可得純銅。細菌煉銅已在美、日等20餘國付諸實施，我國也已采用。
據1967年統計資料，國際上每年用細菌煉銅高達32噸，占整個采銅量的20%。
現在，不僅可利用細菌“煉”銅，還用於富集某些其它金屬元素，如Ni,Co,Pb.Cd等”。
細菌煉鈾也已取得重大突破，已發現從鈾礦廢渣堆流出的酸性溶液中可回收鈾。這是由於在這些“廢液”中生活著的氧化鐵硫杆菌，當其浸蝕鈾礦中的黃鐵礦時，產生的硫酸和硫酸鐵溶液能從鈾礦中浸出鈾（生成UO2SO4），人們收集浸出液，從中提取鈾。現在，加拿大等國已建立了細菌提鈾廠。日本利用鏈黴菌、放線菌從海水中提出了鈾。
細菌冶金適於處理貧礦、尾礦、小而分散的富礦以及某些難礦及老礦山的廢礦。由於細菌冶金過程中浸取周期較長，環境溫度需要適宜等，因此應用受到一定限製。
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