一、焚燒
在處理那些經過或事先未經清除汙染的動物屍體以及解剖組織或其他實驗室廢棄物時，焚燒是一種有效的方法。隻有在實驗室可以控製焚燒爐的條件下，才能用焚燒代替高壓滅菌來處理感染性物質。
需要有效控製溫度，並配備二級焚燒室時才能實現徹底焚燒。許多焚燒爐，尤其是那些隻有單個焚燒室的，不能滿足處理感染性物質、動物屍體和塑料製品的要求。這些材料可能不能完全銷毀，微生物、有毒化學品和煙塵還可能通過煙囪排放而汙染大氣。但也有許多結構令人滿意的焚燒室。理想的是一級焚燒室的溫度至少應達到800℃，二級焚燒室的溫度至少應達到1000℃。
需要焚燒的材料（即使事先已清除汙染）應當用袋子運送到焚燒室，最好使用塑料袋。負責焚燒的工作人員應當接受關於如何裝載和控製溫度等的正確指導。還需要注明的是，焚燒爐的操作是否有效主要取決於對需要處理的廢棄物中物品的正確混合。
人們已經關注到現有的或計劃製造中的焚燒爐可能對環境造成的負麵影響，並正努力使焚燒爐對環境的影響更小，也更節約能源。
二、廢棄物處理
實驗室和醫學廢棄物的處理要遵守各個地區、國家和國際的規定，在設計和執行關於生物危害性廢棄物處理、運輸和廢棄的規劃之前，必須參考最新版的相關文件。一般情況下，焚燒爐內的灰燼可以作為普通家庭廢棄物處理並由地方有關部門運走。高壓滅菌過的廢棄物可以在其他地方焚燒後處理，或在指定垃圾場掩埋處理
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