根據安斯沃思(Ainsworth 1971,1973)的分類係統,運用世界上主要依據的伯傑(Bergey’s 1923~1957)細菌鑒定法和洛德(Lodder 1970)的酵母菌等鑒定法分類鑒定表明,能源性微生物的主要種類是:
甲烷產生菌的主要種類有甲烷杆菌屬(Methanobacterium)、甲烷八疊菌屬(Methanosarcina)、甲烷球菌屬(Methanoccus)等。
乙醇產生菌的主要種類有酵母菌屬(Saccharomyces)、裂殖酵母菌屬(Schizosaccharomyces)、假絲酵母屬(Candida)、球擬酵母屬(Torulopsis)、酒香酵母屬(Brettanomyces)、漢遜氏酵母屬(Hansenula)、克魯弗氏酵母屬(Kluveromyces)、畢赤氏酵母屬(Pichia)、隱球酵母屬(Cryptococcus)、德巴利氏酵母屬(Debaryomyces)、卵孢酵母屬(Oosporium)、曲黴屬(Aspengillus)等。
氫氣產生菌的主要種類有紅螺菌屬(Rhodospirillum)、紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)、紅微菌屬(Rhodomicrobium)、莢硫菌屬(Thiocapsa)、硫螺菌屬(Thiospirillum)、閃囊菌屬(Lamprocystis)、網硫菌屬(Thiodictyon)、板硫菌屬(Thiopedia)、外硫紅螺菌屬(Ectothiorhodospira)、梭杆菌屬(Fusobacterium)、埃希氏菌屬(Escherichia)、藍細菌類等。
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