微生物工業有著悠久的曆史，在人民生活與國民經濟中發揮著越來越重要的作用。在世界各國，以美國微生物工業的規模最大、產值最高，目前大規模生產的發酵產品已有100 多種。日本的微生物工業在近幾十年也取得較大發展，特別是在微生物發酵技術的某些領域（如氨基酸、核酸發酵）居領先地位。
解放後，我國微生物發酵工業發展迅速，對傳統發酵產品的生產技術進行了科學的總結、革新工藝、研究新型發酵設備，不斷提高產品質量。在全國範圍內先後興建了許多新型發酵企業和專業研究機構，各高等院校也先後開設了發酵工程專業，培養出大批專業工程技術人才，從事酒精、抗生素、有機酸、氨基酸、酶製劑、激素、維生素、核苷酸發酵等方麵的研究與生產。我國微生物工業已經迅速發展成為一門新興工業，但由於起步晚、基礎薄弱、條件較差，與世界先進國家相比還存在一定差距。
從微生物工業發展趨勢可以看出，近代微生物工業有以下幾個特點：
(1）近代微生物工業已由糖分解生產簡單化合物階段轉入複雜化合物的生物合成階段，從自然發酵轉為人工控製的突變型發酵、代謝控製發酵、遺傳因子的人工支配發酵。這意味著新的發酵開發工藝將從過去的嚐試技術階段轉移到有理論根據的科學階段，強調發酵中研究代謝控製機理應用和微生物工程技術的重要性。
(2）近代微生物工業的發展，使越來越多的化學合成產品全部或部分轉為微生物發酵生產，特別是微生物酶反應合成和化學合成相結合工程技術的創立，使發酵產物通過化學修飾及化學結構改造生產更多精細的有用物質。
(3）近代微生物工業向大型發酵罐和連續化、自動化方向發展。發酵工廠已發展成為規模龐大的現代化企業，常用20-120t 甚至用500t 的發酵罐進行自動化生產。
(4）近代微生物工業由於人工誘變育種和代謝控製的廣泛應用，使微生物得到進一步開發利用，開發的新產品、新用途層出不窮。
(5）隨著近代微生物工業發展規模的日益擴大，麵臨自然資源匱乏問題，迫切需要開辟原料新來源，利用纖維素、石油甚至空氣等資源代糧發酵生產各種產品取得了成功。
(6）近幾十年來基因工程取得飛速發展，出現了許多“工程菌”，發酵生產出一些臨床上緊俏藥品，如人胰島素、幹擾素、白介素、促紅細胞生長素、腫瘤壞死因子等幾十種產品，並由此建立起技術密集型的新興生物技術產業。
最近，國外利用纖維廢料作為微生物工業的主要原料逐漸引起人們的重視。隨著對纖維素水解研究的深入，人們發現取之不盡的纖維素資源代糧發酵生產各種產品和能源物質具有現實意義，且用纖維廢料發酵生產酒精、乙烯等能源物質已取得成功。發酵原料的改變正推動著微生物工業的迅速發展，並對解決環境汙染問題具有重要意義。
微生物工業除利用纖維素、石油等資源外，長遠的設想是用碳酸氣、空氣中的氧以及添加適量氮源、無機鹽來製造微生物菌體蛋白。目前，美國、日本正從事此項研究，並在實驗室取得初步成果。還有研究指出，有些細菌可以固定大氣中的氮、碳酸氣、空氣等來生成蛋白質。這些研究對於開辟人類未來糧食新來源有重大意義。
上述發展趨勢說明，微生物工業有著廣闊的發展前景，是富有生命力的既古老而又年輕的工業。
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