所謂發酵染菌是指在發酵過程，生產菌以外的其他微生物侵入了發酵係統，從而使發酵過程失去真正意義上的純種培養。從國內外目前的報道來看，在現有的科學技術條件下要做到完全不染菌是不可能的。目前要做的是要提高生產技術水平，強化生產過程管理，防止發酵染菌的發生。一旦發生染菌，應盡快找出汙染的原因，並采取相應的有效措施，把發酵染菌造成的損失降低到最小。
染菌對發酵的影響
染菌對發酵過程的影響是很大的，但由於生產的產品不同、汙染雜菌的種類和性質不同、染菌發生的時間不同以及染菌的途徑和程度不同，染菌造成的危害及後果也不同。
一、染菌對不同發酵過程的影響
由於各種發酵過程所用的微生物菌種、培養基以及發酵的條件、產物的性質不同，染菌造成的危害程度也不同。如青黴素的發酵過程，由於許多雜菌都能產生青黴素酶，因此不管染菌是發生在發酵前期、中期或後期，都會使青黴素迅速分解破壞，使目的產物得率降低，危害十分嚴重。對於核苷或核苷酸的發酵過程，由於所用的生產菌種是多種營養缺陷型微生物，其生長能力差，所需的培養基營養豐富，因此容易受到雜菌的汙染，且染菌後，培養基中的營養成分迅速被消耗，嚴重抑製了生產菌的生長和代謝產物的生成。對於檸檬酸等有機酸的發酵過程，一般在產酸後，發酵液的pH值比較低，雜菌生長十分困難，在發酵中、後期不太會發生染菌，主要是要預防發酵前期染菌。但是，不管是對於哪種發酵過程，一旦發生染菌，都會由於培養基中的營養成分被消耗或代謝產物被分解，嚴重影響到產物的生成，使發酵產品的產量大為降低。穀氨酸發酵周期短，生產菌繁殖快，培養基不太豐富，一般較少汙染雜菌，但噬菌體汙染對穀氨酸發酵的威脅非常大。
二、染菌發生的不同時間對發酵的影響
從發生染菌的時間來看，染菌可分為種子培養期染菌、發酵前期染菌、發酵中期染菌和發酵後期染菌等四個不同的染菌時期，不同的染菌時期對發酵所產生的影響也是有區別的。
(1)種子培養期染菌 種子培養主要是便微生物細胞生長與繁殖，此時，微生物菌體濃度低，躇養基的營養十分豐富，比較容易染菌。若將汙染的種子帶入發酵罐，則危害極大，因此應嚴格控製種子染菌的發生。一旦發現種子受到雜菌的汙染，應經滅菌後棄去，並對種子罐、管道等進行仔細檢查和徹底滅菌。
(2)發酵前期染菌 在發酵前期，微生物菌體主要是處於生長、繁殖階段，此時期代謝的產物很少，相對而言這個時期也容易染菌，染菌後的雜菌將迅速繁殖，與生產菌爭奪培養基中的營養物質，嚴重幹擾生產菌的正常生長、繁殖及產物的生成。
(3)發酵中期染菌 發酵中期染菌將會導致培養基中的營養物質大量消耗，並嚴重幹擾生產菌的代謝，影響產物的生成。有的染菌後雜菌大量繁殖，產生酸性物質，使pH值下降，糖、氮等的消耗加速，菌體發生自溶，致使發酵液發黏，產生大量的泡沫，代謝產物的積累減少或停止；有的染菌後會使已生成的產物被利用或破壞。從目前的情況來看，發酵中期染菌一般較難挽救，危害性較大，在生產過程中應盡力做到早發現，快處理。
(4)發酵後期染菌 由於發酵後期，培養基中的糖等營養物質已接近耗盡，且發酵的產物也已積累較多，如果染菌量不太多，對發酵影響相對來說就要小一些，可繼續進行發酵。對發酵產物來說，發酵後期染菌對不同的產物的影響也是不同的，如抗生素、檸檬酸的發酵，染菌對產物的影響不大；肌苷酸、穀氨酸、氨基酸等的發酵，後期染菌也會影響產物的產量、提取和產品的質量。
三、染菌程度對發酵的影響
染菌的程度對發酵的影響是很大的。染菌程度愈嚴重，即進入發酵罐內的雜菌數量愈多，對發酵的危害也就愈大。當生產菌在發酵過程已有大量的繁殖，並已在發酵液中占優勢，汙染極少量的雜菌，對發酵不會帶來太大的影響，因為進入發酵液的雜菌需要有一定的時間才能達到危害發酵的程度，而且此時環境對雜菌繁殖已相當不利。當然如果染菌程度嚴重時，尤其是在發酵的前期或發酵的中期，對發酵將會產生嚴重的影響。
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