清潔和消毒
由於剩餘的培養基可能會使微生物生長繁殖，因此在實驗結束時，包括儀器設備在內的生物安全櫃裏的所有物品都應清除表麵汙染，並移出安全櫃。
在每次使用前後，要清除生物安全櫃內表麵的汙染。工作台麵和內壁要用消毒劑進行擦拭，所用的消毒劑要能夠殺死安全櫃裏可能發現的任何微生物。在每天實驗結束時，應擦拭生物安全櫃的工作台麵、四周以及玻璃的內外側等部位來清除表麵的汙染。在對目標生物體有效時，可以采用漂白劑溶液或70%酒精來消毒。在使用如漂白劑等腐蝕性消毒劑後，還必須用無菌水再次進行擦拭。
推薦將安全櫃一直維持運行狀態。如果要關閉的話，則應在關機前運行5min以淨化內部的氣體。
清除汙染
生物安全櫃在移動以及更換過濾器之前，必須清除汙染。最常用的方法是采用甲醛蒸氣熏蒸。應該由有資質的專業人員來清除生物安全櫃的汙染。
個體防護裝備
在使用生物安全櫃時應穿著個體防護服。在進行一級和二級生物安全水平的操作時，可穿著普通實驗服。前麵加固處理的反背式實驗隔離衣具有更好的防護效果，應在進行三級和四級生物安全水平（防護服型實驗室除外）的操作時使用。手套應套在隔離衣的外麵，可以戴加有鬆緊帶的套袖來保護研究人員的手腕。有些操作可能還需要戴口罩和安全眼鏡。
警報器
可以在兩種警報器中選擇一種來裝備生物安全櫃。窗式警報器隻能裝在帶有滑動窗的安全櫃上。發出警報時表明操作者將滑動窗移到了不當的位置。處理這種警報時，隻要將滑動窗移到適宜的位置就可以了。氣流警報器報警時，表明安全櫃的正常氣流模式受到了幹擾，操作者或物品當即處於危險狀態。當氣流警報響起時，應立刻停止工作，並通知實驗室主管。生產商的說明手冊中將提供更詳細的資料，在生物安全櫃的使用培訓中也應包括這一方麵的內容。
補充資料
選擇正確類型的生物安全櫃，進行安裝並正確使用，同時每年進行認證，這是一個複雜的程序。強烈推薦在經過良好培訓並具有豐富生物安全操作經驗的專家監督下來進行上述工作。該專家應非常熟悉“參考文獻”部分中所列出的相關文獻，並且經過了有關生物安全櫃各方麵的培訓。操作者應接受生物安全櫃操作和使用的正規培訓。
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