“無菌”一般用於取樣中，意味著取樣過程中，避免操作引起汙染。一個無菌樣品的采集，應該通過這樣一種方式，即：在收集過程中，本身應避免汙染，然後放入消毒容器中。
無菌樣品的采集基本是為了支持、針對工廠的衛生條件狀況的檢查結果。
一、檢驗前的準備工作：
1．包裝無菌取樣的工具：
擁有正確的采取產品或加工過程的無菌取樣器械工具是至關重要的。除非使用合適的采集工具，否則樣品的完整性會被懷疑，甚至樣品毫無意義。為了避免沒有合適的取樣工具，建議建立一個無菌取樣的分析清單，來收集取樣工具。如果可能盛樣品的容器在最初進入加工區之前應當被預先標識，例如樣品號、取樣日期、取樣人等。這樣可以使在不同的工廠條件下的樣品取樣更為方便一些。附加樣品號碼一般在樣品采集中被正式確定下來，因此不用預先標明。
人員的工具設施，如工作服、發網或消毒處理過的清潔的鞋靴必須具備有助於證明采集者沒有汙染到食物產品或樣品。
2．生產線樣品In-Line Samples：
生產線樣品一般是指原材料，原料生產用水、包裝材料或其他任何使用在生產線的材料。
生產線樣品的采集一般用來確定細菌汙染源是否來自於原材料或加工序中的某些地方。
3．環境樣品：
環境樣品用細菌拭子，（注：細菌拭子樣品不能給出／測出微生物的定時結果，因為樣品非常小，顯著微生物會經常丟失），棉拭子的取樣部位一般來自於食品接觸麵，地板噴濺物。牆壁、頂部管道和檢驗中考察的其他潛在汙染源程序，並且記錄可能的聯係，在環境樣品來源和食物產品的汙染方麵，可以使樣品具有意義，並且是提倡這樣做的，例如：
地麵噴濺水：工人從有地麵汙水的地方走過後又回到加工區域嗎？
牆壁：牆壁上麵和在製品上麵有昆害蟲嗎？
天花板：冷凝物或噴漆有無掉落到產品上或被發現與產品相接觸？
4．某些準備
幹冰：（有的稱為gel backs）
如果使樣品在貯運過程中保持冷卻，一些種類的製冷劑是必需的。檢查觀看幹冰袋子是否有接觸，如果泄漏可能汙染樣品，你也可以用濕冰，濕冰可以由工廠提供，然而取樣前必須清楚這一點，如果想保持樣品冷凍，幹冰應在檢驗前獲得。
盒子或製冷皿：
檢驗員需要貯藏、運輸他們的樣品，如果樣品不需冷凍，那麽用一個盒子即可，但如果樣品需要冷卻，一個標準的製冷皿或保溫箱是必須使用的，一般來講製冷皿附帶著一個塑料袋，樣品可以放還袋子裏，製冷劑象幹冰，等可以放置在袋外，這樣樣品被冰汙染的可能性就被避免了。
滅菌容器：
從塑料袋到滅菌的加侖漆桶，可以用於有銳利邊麵的產品如蟹、蝦等。
取樣工具：
取樣工具包括：茶匙、角匙、尖嘴鉗、fovceps tongs 量筒和燒杯，工具的類型一般由取樣產品來決定。
所有取樣設施和容器的滅菌日期應當被檢查、滅菌時間應當在儀器設施的標簽和包裝上標明，一些儀器設施可以在當地實驗室滅菌處理或購買滅菌儀器，在當地實驗室滅菌的儀器設施一般可以保持至少兩個月，過期後，設施必須重新滅菌。
滅菌手套：
滅菌手套在采樣中並非必須啟用，如果一個產品在樣品收集過程中必須被接觸，那麽最好讓工廠生產線的工人來做（加工處理產品的工人），將樣品放入收集容器中，既然工人在生產過程中處理接觸產品，那麽我們就不能認為他們對產品又有附加的汙染。
當用手套時必須用一種避免汙染的方式戴上，手套的大小必須適合工作的需要。
無菌棉拭子：
一般用於拭取儀器設施和工廠環境區域，使用棉拭子一般有一個正確的程序，打開棉拭子剝掉表皮，然後必須小心的放在試管頭上，注意不要沾染棉拭子的外端；下一步擦拭要取樣的部位，如案板頭或頂部管道，然後從試管頭上小心翼翼地將拭子放入——將其全部堆入直到試管中部。
滅菌全包裝袋：
袋子必須購買滅菌的，使用時隻需撕掉封頭，用提供的地方張開袋子，將樣品放入，然後將袋子頂端卷起，用線繩紮實牢；底部應當折疊兩次，以便線繩不會穿透塑料袋，導致樣品泄露。
當樣品收集時，樣品采集時的條件例如產品的溫度、地點等，連同扡樣樣品號嘜頭，一並記錄入檢驗員的注釋說明中，取樣的樣品可以從樣品號、采集日期、附加樣品號，最初調查人和其他鑒別信息事區分。
當采集無菌樣品時，一條最重要的規則是：千萬別汙染樣品。
這需要樣品采集人非常小心地采集所有附加樣品，確保不違反這條規則。
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