處理生物安全危害時，使用安全設施並結合規範的操作將有助於降低危險。
實驗室主任應谘詢生物安全官員和安全委員會（如果有），確保配備足量的設備，並能正確使用。選擇設備時應符合一些基本原則，即：
1、在設計上應能阻止或限製操作人員與感染性物質間的接觸
2、建築材料應防水、耐腐蝕並符合結構要求
3、設備裝配後應無毛刺、銳角以及易鬆動的部件
4、設備的設計、建造與安裝應便於操作、易於維護、清潔、清除汙染和進行質量檢驗。應盡量避免使用玻璃及其他易碎的物品。
基本生物安全設備
1、移液輔助器——避免用口吸的方式移液。有不同設計的多種產品可供使用。
2、生物安全櫃，在以下情況使用：
（1）處理感染性物質；如果使用密封的安全離心杯，並在生物安全櫃內裝樣、取樣，則這類材料可在開放實驗室離心
（2）空氣傳播感染的危險增大時
（3）進行極有可能產生氣溶膠的操作時（包括離心、研磨、混勻、劇烈搖動、超聲破碎、打開內部壓力和周圍環境壓力不同的盛放有感染性物質的容器、動物鼻腔接種以及從動物或卵胚采集感染性組織）。
3、一次性塑料接種環，也可在生物安全櫃內使用電加熱接種環，以減少生成氣溶膠。
4、螺口蓋試管及瓶子。
5、用於清除感染性材料汙染的高壓滅菌器或其他適當工具。
6、一次性巴斯德塑料移液管，盡量避免使用玻璃製品。
7、在投入使用前，像高壓滅菌器和生物安全櫃等設備必須用正確方法進行驗收。應參照生產商的說明書定期檢測。
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