應用中和試驗和補體結合試驗,可將水皰性口炎病毒分為兩個血清型,其代表株分別為印第安納(Indiana)株和新澤西(NewJersey)株。新分離的毒株都屬於這兩個血清型中的一個型。水皰性口炎病毒與相應的免疫血清在瓊脂擴散試驗中出現兩條沉澱線,也可清楚地將兩個血清型區分開。1964年,在特立尼達和多巴哥的稻鼠身上的蟎體內分離到一株病毒,這株病毒在形態上與水皰性口炎病毒沒有明顯區別,血清學上與印第安納株有關,但與新澤西株無關,稱為可卡(Cocal)株。在對若幹株水皰性口炎病毒(包括從巴西和阿根廷的馬體內分離到的巴西株)進行深入研究以後,根據其抗原交叉反應性。發現印第安納株可以分為三個亞型。印第安納1,為典型株;主要分離自牛的毒株,也有分離自豬和昆蟲的毒株。印第安納2,包括可卡株和阿根廷株,是主要分離自牛、馬及蚊體內的毒株。印第安納3,巴西Alagoas株,最初分離自騾,但牛、馬、人及白蛉蟲也可感染,。有人將分離自巴西白蛉蟲的Maraba和Carajas毒株分為第4個亞型。Bilsel在對26個血清1型VSVIndiana株的糖蛋白序列進行比較後,發現在不同毒株糖蛋白基因核苷酸序列的5’端非編碼區和編碼區內有19%發生變異,但無堿基插入或缺失,在3’端則有大量堿基插入或缺失。因此,G基因大小在1625~1868個核苷酸之間變化,根據這些變異也將VSVIndiana1型分為4個亞型,每個亞型對應著不同的地理分布。此外,自巴西人體內分離到的Piry病毒,自伊朗白蛉蟲體內分離到的Isfanhan病毒等均與VSV有密切的抗原關係。Nichol等根據VSV新澤西毒株T1核酸酶指紋圖研究,將流行的野毒株分為至少14個基因群或拓撲型。在對34個新澤西毒株糖蛋白核酸序列和氨基酸組成進行比較後,發現不同毒株之間核酸變異最高可達19.8%,相應的氨基酸變異達8.5%。根據這些毒株之間的進化關係,將VSV新澤西血清型也分為至少3個係或亞型。流行於美國和墨西哥的大多數毒株屬於1亞型;來自於危地馬拉、薩爾瓦多和洪都拉斯的毒株屬於2亞型;分離自尼加拉瓜和巴拿馬的毒株屬於3亞型。與其它病毒一樣,水皰性口炎病毒的囊膜糖蛋白抗原使動物產生中和抗體,呈現型、亞型乃至株的特異性,而核蛋白抗原則呈現群的特異性,由許多型的水皰性口炎病毒所共有。在彈狀病毒科中,尚未證實其它病毒屬成員具有水皰性口炎病毒的抗原成分。無論在中和試驗和補體結合試驗中,水皰性口炎病毒均與狂犬病毒屬的病毒沒有任何交叉反應。
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