病毒粒子含有幾種以上的蛋白質，每一種蛋白質通常都由分子量較小的許多相同的亞單位]組成。病毒的結構蛋白決定著病毒粒子的結構及其與細胞受體部位結合的特異性。病毒的血清學特異性和酶活性也決定於蛋白質。結構蛋白還有保護病毒核酸的作用——核酸處於蛋白外殼的內部，或與蛋白質互相纏繞而成核蛋白。因此病毒基因組受到有關蛋白質的保護，從而可以抵抗理化學因素的降解作用。蛋白質是病毒最主要的組成成份，病毒粒子的蛋白質可以單獨地或與糖、脂類]結合在一起，成為糖蛋白或脂蛋白。病毒結構蛋白可以從提純的病毒製品中通過與核酸和其它蛋白分離，而又不打斷肽鍵的處理方法得到。分離時須用中性去汙劑、極性試劑或阻止蛋白聚合的保護劑如尿素、鹽酸胍、去氧膽酸鈉和SDS等，或改變ｐＨ值等方法加以處理。
下麵就幾種病毒蛋白亞單位的分離加以介紹：
1.流感病毒蛋白亞單位分離將提純的流感病毒懸浮於005mol/L硫酸銨緩衝液中(pH72)，加入SDS、尿素、2巰基`乙醇，使其最終濃度分別為2%、05mol/L、004mol/L，在37℃保溫30分鍾，再於100]℃加熱1分鍾，然後以含01%SDS、005mol/L尿素的001mol/L磷酸緩衝液(pH72)透析，以]降低SDS的濃度，裂解的病毒亞單位用SDSPAGE製備電泳分離。
2.貓冠狀病毒亞單位分離將提純的病毒用1%Nonidet]P40(NP40)裂解，然後層加於含有01%NP40，15%到50%]的蔗糖梯度，該梯度於38]500r/min離心17小時，部分(025ml)收集，用2%BSA封閉37℃1小]時，再用亞單位N、E和E2的單抗鑒定，濃縮收集。
3.辛德畢斯(sindbis)病毒膜蛋白分離大約50mg提純的辛德畢斯病毒溶於4倍重量的TritonX100，在4℃過夜，樣品然後稀釋到50ml的PBS中。再過Sephacryl400柱，收集不同的峰，合並濃縮至50ml，將含膜蛋白的]部分濃縮後用PBS透析除去汙劑。在沒有去汙劑的情況下第2次過Sephacryal400柱，再次濃縮收集，SDSPAGE電泳鑒定。
4.非洲豬瘟病毒蛋白亞單位的分離(1)將提純的07ml病毒和03ml豬胰脂酶在37℃孵育，對照管加入PBS，消化的前30分鍾內，出現大量的衣殼亞單位，而相應部位的病毒粒子減少，表現在內外層衣殼之間的殼粒同時釋放出來，當然並不是所有的殼粒都同時釋放出來，2小時消化很完全。(2)將脂肪酶消化物經線性梯度離心，35]000r/min2小時，明顯出現兩條帶，上麵的這條]帶含有殼粒亞單位，收集後檢測抗原性及感染性。
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