6. 冷凍幹燥保藏法
（1）準備安瓿管用於冷凍幹燥菌種保藏的安瓿管宜采用中性玻璃製造，形狀可用長頸球形底的，亦稱淚滴型安瓿管，大小要求外徑6-7.5mm，長105mm，球部直徑9-11mm，壁厚0.6-1.2mm。也可用沒有球部的管狀安瓿管。塞好棉塞，1.05kg/cm2>，121.3℃滅菌30分鍾，備用。
（2）準備菌種，用冷凍幹燥法保藏的菌種，其保藏期可達數年至十數年，為了在許多年後不出差錯，故所用菌種要特別注意其純度，即不能有雜菌汙染，然後在最適培養基中用最適溫度培養，使培養出良好的培養物。細菌和酵母的菌齡要求超過對數生長期，若用對數生長期的菌種進行保藏，其存活率反而降低。一般，細菌要求24-48小時的培養物；酵母需培養3天；形成孢子的微生物則宜保存孢子；放線菌與絲狀真菌則培養7-10天。
（3）製備菌懸液與分裝以細菌斜麵為例，用脫脂牛乳2ml左右加入斜麵試管中，製成濃菌液，每支安瓿管分裝0.2ml.
（4）冷凍冷凍幹燥器有成套的裝置出售，價值昂貴，此處介紹的是簡易方法與裝置，可達到同樣的目的。
將分裝好的安瓿管放低溫冰箱中冷凍，無低溫冰箱可用冷凍劑如幹冰（固體CO2）酒精液或幹冰丙酮液，溫度可達-70℃。將安瓿管插入冷凍劑，隻需冷凍4~5分鍾，即可使懸液結冰。
（5）真空幹燥為在真空幹燥時使樣品保持凍結狀態，需準備冷凍槽，槽內放碎冰塊與食鹽，混合均勻，可冷至-15℃。裝置儀器，安瓿管放入冷凍槽中的幹燥瓶內。
抽氣一般若在30分鍾內能達到93.3Pa（0.7mmHg）真空度時，則幹燥物不致熔化，以後再繼續抽氣，幾小時內，肉眼可觀察到被幹燥物已趨幹燥，一般抽到真空度26.7Pa（0.2mmHg），保持壓力6~8小時即可。
（6）封口抽真空幹燥後，取出安瓿管，接在封口用的玻璃管上，可用L形五通管繼續抽氣，約10分鍾即可達到26.7Pa（0.2mmHg）。於真空狀態下，以煤氣噴燈的細火焰在安瓿管頸中央進行封口。封口以後，保存於冰箱或室溫暗處。
此法為菌種保藏方法中最有效的方法之一，對一般生活力強的微生物及其孢子以及無芽胞菌都適用，即使對一些很難保存的致病菌，如腦膜炎球菌與淋病球菌等亦能保存。適用於菌種長期保存，一般可保存數年至十餘年，但設備和操作都比較複雜。
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