構成持續性病毒感染的病毒方麵的原因包括
①病毒基因組整合到宿主細胞DNA中。如反轉錄病毒的前病毒DNA，隨機整合後成為宿主細胞基因組的一部分，由親代細胞傳給子代細胞而長期持續存在；DNA病毒(如SV40)的全基因組或亞基因，也可以通過同源重組或隨機方式無規律地插入宿主細胞基因組內。病毒DNA整合後，一般可表達部分病毒抗原而較少複製完整的病毒。少數整合的病毒可能繼續複製，從而形成持續性感染。
②病毒侵犯免疫細胞或在有掩護的部位或細胞內增殖。如α－皰疹病毒在潛伏期內通常隱匿在神經細胞內，β－皰疹病毒和γ－皰疹病毒則因在淋巴細胞中持續存在，從而逃避免疫清除作用。人和猴免疫缺陷病毒侵入T4淋巴細胞，造成免疫低下，最終導致人或動物死亡。
③病毒抗原發生變異。如維斯納－梅依迪病毒、馬傳染性貧血病毒在持續性感染期間，經常在體內發生連續性抗原變異,每次臨床疾病的重新發生都由新的病毒變異株引起,從而逃脫了機體的免疫應答。維斯納病毒注入羊體內，2周後發生亞急性腦炎，隨後發展為慢性，2年後再從病羊組織分離病毒，發現其不被原感染動物的血清所中和，因此病毒得以持續存在。
④缺損幹擾顆粒的出現。缺損幹擾顆粒是一種普遍存在的不完全病毒顆粒，簡稱DI顆粒，它在抗原性上與完整病毒相似，但其基因組缺乏某些部分或片段，因此隻含部分的病毒基因組(亞基因組)，不能進行正常的複製。在有同種或密切相關的感染性病毒存在時，則可複製，並因強烈競爭病毒聚合酶而降低感染性病毒的產量。DI顆粒的存在，是某些殺(溶)細胞性病毒在細胞培養物內導致持續性感染的主要原因之一。實驗證明，用完整的水泡性口炎病毒(VSV)注入鼠腦，引起致死性腦炎。如給小鼠注入大量缺損水泡性口炎病毒和少量完整病毒，則可引起免疫而小鼠並不死亡。如注入大量完整的病毒和少量缺損病毒，動物發生緩慢進行性麻痹，最終死亡。其它如仙台病毒、流感病毒、小RNA病毒、呼腸孤病毒和反轉錄病毒中也發現有缺損幹擾顆粒。作為缺損幹擾顆粒，基因組中的任何基因片段均可缺失，但必須保留原始基因組中的兩個部分，即特異地識別病毒複製酶的核苷酸序列以及特異地識別蛋白衣殼的包裝序列。前者保證缺損幹擾顆粒可利用親代病毒的複製酶進行複製；後者保證該顆粒的核酸被相應的蛋白衣殼所包裹。缺損幹擾顆粒的出現與其幹擾完整病毒的確切分子生物學機理尚不清楚，但通過對DI顆粒的基因組研究已可提供一些線索。水泡性口炎病毒的缺損幹擾顆粒基因組研究表明，病毒負鏈RNA的3'末端涉及轉錄與複製，而正鏈RNA的3'末端與複製出更多的負鏈RNA有關。由於該病毒的正、負鏈RNA的3'末端均為病毒核酸複製的起始點，因此，推測病毒核酸的5'端可能是病毒裝配的起始區。病毒的核蛋白開始包裹RNA時,預計從新合成的RNA的5'末端進行。核蛋白的濃度可能起調節病毒複製的作用。當核蛋白濃度高時，因新合成的RNA很快地被裝配成核衣殼，故可抑製RNA聚合酶的終止信號，使病毒繼續複製。相反，當核蛋白濃度低時，新合成的RNA不能被迅速裝配，終止RNA聚合酶的信號不被抑製,病毒複製可被減慢。如果在複製過程中，病毒複製酶作用的起始點與病毒核酸被蛋白衣殼包裹的起始區被DI顆粒所占據，則完整病毒的複製將被幹擾。目前認為DI顆粒幹擾完整病毒的機理主要在於這種顆粒的核酸有缺損，比完整病毒的核酸短，複製子代核酸所需時間少；DI顆粒的核酸對病毒複製酶有更高的親和力,以及DI顆粒的核酸更容易被核蛋白衣殼所包裹。在水泡性口炎病毒或淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎病毒細胞培養係統中，均可發現DI顆粒與完整病毒的周期性消長過程。DI顆粒數量增多到一定程度後，完整病毒量開始逐漸增多，此時DI顆粒量逐漸下降；待降低到一定程度後，完整病毒量又開始下降，DI顆粒又複升高。Depolo(1987年)通過長期對BHK－21細胞中出現的水泡性口炎病毒突變株與DI顆粒的分析發現，這一量變與水泡性口炎病毒突變株對DI顆粒抵抗力的質變有關。在分離出DI顆粒以前幾代的水泡性口炎病毒突變株僅對DI顆粒的幹擾稍有抵抗力；但隨著繼續培養與傳代，水泡性口炎病毒突變株對DI顆粒幹擾的抵抗力顯著增加，可提高幾十萬倍，以致對該顆粒完全耐受而不被幹擾。因此認為，不斷地出現不同的DI顆粒與水泡性口炎病毒株不斷改變其對該種顆粒的敏感性，構成了這種顆粒與病毒的周期性消長動態。此外，還發現DI顆粒核酸的3'末端較穩定，其核酸缺損主要發生在5'末端的末端47個核苷酸範圍內。這一發現，加強了DI顆粒的5'末端容易競爭核蛋白包裹的假說的正確性。DI顆粒不僅存在於RNA病毒中，在皰疹病毒、乳多空病毒、個別型的腺病毒以及細小病毒中亦先後被發現。DI顆粒不僅存在於培養細胞中，也曾在急性病毒性感染的動物體中發現，並且證實這種顆粒與完整病毒的周期性消長有關。因此認為DI顆粒在病毒持續性感染中占有重要地位。
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