1、色譜法和熒光分析法
細菌生長過程中會體現出一定的物碑特性，因此可以通過檢測微生物自身生長代謝代物來鑒定細菌。Newark微生物鑒定係統就是用氣相色譜法檢測一種飽和脂肪酸(微生物代謂物)的含量，達到檢測鑒定微生物的目的。微型自動熒光酶標分析法MINIVIDIUS是利用酶聯熒光免疫分析技術，通過抗原一抗體特異反應，分離出口標準，山熒光強弱判斷樣品的陽性或陰性。細菌卣接計數法通常以激光作為發光源，經過聚焦整形後的光束直照刺在樣品流上，被熒光染色的細胞在激光束的照射下產生散射光和激發熒光。光散射信號基本上反映了細胞體積的大小；熒光信號的強度則代表了所測細胞膜表麵抗原的強度或其核內物質的濃度，從而計算微生物的數量。
熒光分析法隻能檢測真核物，與細胞大小、DNA的數量有關，而這些又和培養條件以及微生物來源有關。色譜法和熒光分析法的檢測成本較高。
2、PCR法
聚合酶聯反應(PCR)是通過基因擴增檢測微生物的存在的方法。常用放射性同位素(P、5S、C)或其它標記物(半抗原、酶生物索)標記特異核苷酸片段來製備核酸探針，檢測一些難於培養或人工不能培養的微生物。將它與其它技術相結合，如氧化酶法的結合，可在食品檢驗中發揮更大的作用。李曉紅等用免疫磁珠和複合PCR聯用方法從樣品中直接濃縮獲取單增李斯特氏菌，靈敏度達1.5cfu／mL，檢測時間僅24h，結果通過API方法確認，符合率lO0％。這種方法的靈敏度高，但是該方法需要較長時問的樣品純化處理過程，同時要求具備分子生物學技術的專業操作人員。
3、放射測量法
放射測量法(RM)是多種物理、化學診斷新技術。它主要用於血培養基中微生物的檢驗。RM的原理是根據細菌在生長繁殖過程中可利用培養基中的C標記的碳水化合物或鹽類的底物，代謝產生CO，然後通過儀器測量CO的含量增加與否，來確定樣品中有無細菌存在。如向培養基中加入C標記的葡萄糖，當樣品中有細菌時，含C的葡萄精可被生長的細菌攝取吸收，經過代謝被利用，結果可能出現以下兩種情況：一是進入細菌體內被標記，此時可用放射測量儀檢測細菌的放射性，由此可直接證明標本中的細菌存在，並根據放射性強弱問接確定所含細菌的數量；二是如果以氣態的“CO：釋放出，可用氫氧化季銨鹽捕獲CO，以細菌生長測量儀檢測放出的CO：，這樣可快速、準確的檢測出樣品中有無細菌及其細菌的量。
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