微生物的分類係統
這裏僅簡述原核微生物和真核微生物的分綱體係。
1 原核生物界（Procaryotae）
（1） 光能營養原核生物門
Ⅰ 藍綠光合細菌綱（藍細菌類）
Ⅱ 紅色光合細菌綱
Ⅲ 綠色光合細菌綱
（2）化能營養原核生物門
Ⅰ 細菌綱
Ⅱ 立克次氏體綱
Ⅲ 柔膜體綱
Ⅳ 古細菌綱
2 真核微生物（Eucaryotic microbes）
真核策生物主要包括各類真菌，還有粘菌等。
真菌劃分各能分類單位的基本原則是以形態特征為主，生理生化、細胞化學和生態等特征為輔。絲狀真菌主要根據其孢子產生的方法和孢子本身的特征，以及培養特征來劃分各級的分類單位。一些病原真菌的鑒定，寄生和症狀也可作為參考依據。真菌可分以下四綱：
Ⅰ 藻狀菌綱 菌絲體無分隔，含多個核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ 子囊菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。
Ⅲ 擔子菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成擔孢子。
Ⅳ 半知菌綱 包括一切隻發現無性世代未發現有性階段的真菌。
粘菌也可分為四綱，即
Ⅰ 網粘菌綱 自細胞兩端各自伸出長的粘絲並接連形成粘質的網絡——假原質團。
Ⅱ 集胞粘菌綱 分泌集胞粘菌素，形成假原質團。
Ⅲ 粘菌綱 形成原質團，腐生性自由生活。
Ⅳ 根腫病菌綱 形成原質團，專性寄生。亦有將之歸於真菌類。
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