各種肉及肉製品均含有豐富的蛋白質．脂肪．水．無機鹽和維生素。因此向及肉製品不僅是營養豐富的食品，也是微生物良好的天然培養基。
（一）肉及肉製品中微生物的來源
1.屠宰前的微生物來源
健康家畜生前具有健全而完整的免疫係統，能有效地防禦和阻止微生物的侵入和在肌肉組織內擴散；所以正常機體組織內部（包括肌肉、脂肪、心．肝．腎等），一股是無菌的．而家畜體表．被毛、消化道．上呼吸道等器官總是有微生物存在，如未經清洗的動物被毛，皮膚微生物數量可達100000~1000000。如果被毛扣皮膚汙染了糞便，微生物的數量會更多。剛排出的家畜糞便微生物數量可多達10 7個/g。瘤胃成分中微生物的數量可達10 9/g。
患病的家畜組織內合可能有微生物存在。這些微生物能夠衝破機體的防禦係統，擴散至機體的其他部位，此多為致病菌。動物皮膚發生刺傷．咬傷或化膿感染時，淋巴結會有細菌存在．其中一部分細菌會被機體的防禦係統吞噬或消除掉．而另一部分細菌可能存留下來導致機體病變。畜禽感染病原菌後有的呈現臨床症狀，但也有相當一部分為無症狀帶菌者，這部分畜禽在運輸和圈養過程中。由於擁擠，疲勞、饑餓．驚恐等刺激．機體免疫力下降而呈現臨床症狀，並向外界擴散病原菌，造成畜禽相互感染。
2.屠宰後的微生物來源
畜禽宰術後即喪失了先天的防禦機能，微生物浸入組織後迅速繁殖。屠宰過程衛生管理不當將造成微生物廣泛汙染的機會。最初汙染微生物足在使用非滅菌的刀具放血時，將微生物引入血液中的，隨著血液短暫的微弱循環而擴散至胴體部位．在屠宰．分割，加工．貯存和肉的銷售過程中的每一個環節，微生物的汙染都可能發生．
肉類一旦被微生物汙染．其生長繁殖是很難完全抑製的。因此,限製微生物汙染的最好方法是在嚴格衛生管理條件下進行屠宰、加工和運輸，這也是獲得高品質肉類及其製品的重要措施。對於已遭受微生物汙染的胴體，抑製微生物生長的最有效方法則是進行迅速冷卻和及時冷藏。
（二）肉及肉製品中微生物的種類
肉及肉製品中常見的微生物有細菌．黴菌和酵母，其種類很多；它們都有較強的分解蛋白質的能力，其中大部分力腐敗微生物，如假單孢菌屬，產堿菌屬、微球菌屬．變形杆菌屬，黃杆菌屬．梭狀芽孢杆菌屬．芽孢杆菌屬．埃希氏菌屬．乳杆菌屬．鱔球菌屬．明串珠菌屬．球擬酵母屬．絲孢酵母屬、紅酵母屬．毛黴屬．青黴屬．枝黴屬、分枝孢屬等。有時還可能有病原微生物，它們可引起人或動物的疾病。
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