（一）形態結構
HCV為直徑30—60nm的球形顆粒，有包膜。在感染的宿主體內有4種形式，即完整HCV顆粒、不完整的HCV顆粒與免疫球蛋白或脂蛋白結合的顆粒和由感染細胞釋放的含HCV成分的小泡。
根據世界各地分離的HCV毒株，可將HCV分為6種基因型、11個亞型。在世界不同地方有不同的優勢基因型，歐美各國流行株多為I型，我國以II型為主，東南亞等以III、IV型為主，這種多基因型可能由於在慢性感染過程中病毒經曆了核酸序列變化，基因的多樣性與臨床疾病的差異有關係。
（二）HCV基因組
HCV基因組是單股正鏈RNA，全長約9379-9381kb，僅含有單一的ORF，由9個基因區組成，幾乎跨越整個基因組。自5端開始依次為5NCR、C區（核心蛋白）、E1區（包膜蛋白）、E2（包膜蛋白）NS1區、NS2、NS3、NS4、NS5及3NCR。其中：NS1區內存在基因。5NCR對病毒複製及病毒蛋白轉譯有重要的調節作用，其核苷酸序列最保守，病毒株間差異小，可用於基因診斷。C區和E區為結構編碼區，分別編碼病毒的核心和包膜蛋白。核心蛋白具有強的抗原性，可誘發機體產生抗-C抗體，幾乎存在於所有丙型肝炎患者血清中，且持續時間較長，有助於HCV感染的診斷。E區為HCV基因中變異最大的部位，在不同的分離株中核苷酸差異可達30%左右，由於包膜蛋白抗原性改變而逃避免疫細胞及免疫分子的識別，這是HCV易引起慢性肝炎的主要原因，也是HCV疫苗研製的一大障礙。NS1-NS5區為非結構編碼區，編碼非結構蛋白及酶類，如NS3編碼病毒蛋白酶和解旋酶，NS5編碼依賴RNA的RNA多聚酶。3NCR對HCV RNA結構穩定性的維持及病毒蛋白翻譯有重要功能。各型HCV ORF長度有所差別，主要由E2及NS5基因的插入或缺失突變所致。
（三）培養特性
黑猩猩是研究HCV感染的可靠動物模型，其感染過程、急性期的表現、宿主的免疫應答及長期感染的後果，與人類HCV感染的臨床和免疫學特征十分相似。用於HCV研究的其他動物還有狨猴、獼猴等，但結果均不如黑猩猩滿意。HCV的細胞培養迄今也未成功。
（四）抵抗力
HCV對各種理化因素的抵抗力較弱，對酸、熱不穩定，對氯仿、乙醚等有機溶劑敏感，紫外線照射、用1:1000甲醛溶液、沸水煮5min、20%次氯酸等均可使其感染性喪失。60℃30h可完全滅活血液或血製品中的HCV。
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