（一）臨床標本的檢查
1、標本腸道外感染采取中段尿、血液、膿液、腦脊液等；胃腸炎則取糞便。
2、分離培養與鑒定
（1）腸道外感染
1）塗片染色檢查：除血液標本外，均需做塗片染色檢查。
2）分離培養：血液接種肉湯增菌，待生長後再移種血瓊脂平板。體液標本的離心沉澱物和其他標本直接畫線分離於血瓊脂平板。35—37℃孵育18—24h後觀察菌落形態。
3）鑒定：初步鑒定根據IMVIC（+ + - -）試驗，最後鑒定靠係列生化反應。尿路感染尚需計數菌落量，每毫升尿中細菌數>10萬才有診斷價值。
（2）腸道內感染：將糞便標本接種於鑒別培養基，挑選可疑菌落並鑒定為大腸埃希菌後，再分別用ELISA、核酸雜交，PCR等方法檢測不同類型致腹瀉大腸埃希菌的腸毒素、毒力因子和血清型等特征。
（二）衛生細菌學檢查
寄居於腸道中的大腸埃希菌不斷隨糞便排除，可汙染周圍環境、水源、飲料及食品。樣品中檢出此菌愈多，表示被糞便汙染愈嚴重，也間接表明可能有腸道致病菌汙染。因此，衛生細菌學以“大腸菌群數”作為飲水、食品等糞便汙染的指標之一。
大腸菌群指數是指每100ml（g）樣品中的大腸菌群數。大腸菌群係指在37℃24h內發酵乳糖產酸產氣需氧和兼性厭氧的腸道杆菌，包括埃希菌屬、枸櫞酸杆菌屬、克雷伯菌屬及腸杆菌屬等。我國衛生標準規定，大腸菌群數在每升飲水中不得超過3個；每100ml瓶裝水、果汁中不得超過5個。
四、防治原則
保持高衛生標準，減少接觸引起胃腸炎大腸埃希菌菌株的危險。汙染的水和食品是ETEC最重要的傳染媒介，EHEC則常由汙染的肉類和未消毒的牛奶引起，充分的烹飪可減少ETEC和 EHEC感染的危險。尿道插管和膀胱鏡檢查應嚴格無菌操作。對腹瀉病人應進行隔離治療，采取各種適宜的措施減少醫院感染。
疫苗免疫預防已在畜牧業領域中開展了廣泛研究。在家畜中，用菌毛疫苗防治新生畜崽腹瀉已獲得成功。例如，在孕牛產前6個月接種大腸埃希菌K99株的菌毛抗原，則新生牛犢吮乳後可被動獲得特異菌毛抗體，而獲得對同型茵毛型大腸埃希菌感染的免疫保護。
一種以預防ETEC感染為目的，使用ST與LTB亞單位交聯的疫苗正在研究中。
大腸埃希菌耐藥性非常普遍。很多菌株都已獲得耐一種或幾種抗生素的質粒。因此抗生素治療應在藥物敏感試驗的指導下進行，特別是細菌性腦膜炎。
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