根據NP和M蛋白抗原性的不同，可將流感病毒分為 甲、乙、丙三型。甲型流感病毒根據其表麵HA和NA抗原性不同，再區分為若幹亞型。 目前從禽類已鑒定出15個H亞型（H1-H15）， 9個NA亞型（NA1-NA9）。近一個世紀，在人間流行的流感病毒主要是H1、H2、H3和N1、N2，幾種抗原構成的亞型，但禽流感病毒H5N1、H9N2也可感染人。乙型、丙型流感病毒至今尚未發現亞型。目前對流感病毒的命名是根據1980年WHO公布的命名法，即型別/宿主（人可省略）/分離地點/病毒株/序號/分離年代（HA與NA亞型號）。流感病毒變異有抗原性變異、溫度敏感性變異、宿主範圍以及對非特異性抑製物敏感性等方麵的變異，但最主要的是抗原性變異。流感病毒抗原性變異與其他病毒不同，特點是表麵抗原HA和NA極易變異。在3個型別的流感病毒中，甲型流感病毒HA和NA最容易發生變異，變得更快。常見的流感病毒抗原變異有兩種形式：①抗原漂移：其變異幅度小，HA、NA氨基酸的變異率小於1%,屬量變，即亞型變異。一般認為是 由病毒基因點突變所造成，並與人群選擇力有關，每2-5年出現一個新的變異株，引起中、小型流行。②抗原轉換：變異幅度大，HA氨基酸的變異率為20-50%，屬質變，即病毒株表麵抗原結構發生一種或兩種變異，導致新亞型的出現。由於人群對變異病毒株缺少免疫力，故每次新亞型出現都會引起流感大流行，甚至世界性流感大流行，隨後該亞型進入抗原漂移階段，直至又一新亞型出現。近一個世紀，甲型流感病毒已經曆過數次重大變異。其中1977年，H1N1在前蘇聯、香港及我國東北地區又重新出現，並再次引起世界性流感大流行，且感染者都是30歲以下青年人，表明過去的流感病毒感染具有保護作用。此次流感大流行與以前新亞型出現不一樣，H1N1沒有完全取代H3N2，而是與其共同流行，加之乙型，三型交替流行至今。1998年由於甲亞型（A3，H3N2）國際代表株發生變異，由武漢株變為悉尼株，人群普遍對該株缺乏免疫力，造成該株在亞洲部分地區和次年在西歐等地區均發生流感暴發流行。乙型流感病毒不發生抗原轉換。
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