電鏡下流感病毒呈球形或橢圓形，直徑約為80—120nm，初次分離出時可見絲狀，長短不一。結構由內至外分為2個部分。
1、核心是一個電子致密的內核，由7—8段卷曲盤旋的單負鏈RNA（每段RNA控製著一種病毒蛋白），包繞其周圍的核蛋白及RNA多聚酶組成。甲型和乙型流感病毒有8個片段，1—6片段編碼單個蛋白，分別為：PB2、PB1、PA、HA、NP和NA；第7和第8個片段都編碼2個蛋 白，分別為M1、M2和NS1、NS2。丙型流感病毒隻有7個片段。由於基因分段 的特點，每一個分段的基 因都決定流感病毒的遺傳特性，使流感病毒在複製中易發生基因重組，導致基因編碼的蛋白抗原發生變異而出現新亞型。流感病毒基因組總長度為13600個核苷酸，片段長度在890—2340kb範圍，在每個RNA片段外包繞的蛋白質中有PA、PB1和PB2，均為與核酸複製和轉錄有關的依賴RNA的RNA多聚酶，其他均為核蛋白（NP）。RNA和NP合稱核糖核蛋白，即核衣殼，呈螺旋對稱。病毒核蛋白為可溶性抗原，抗原結構穩定，很少發生變異，具有型特異性。
表 流感病毒基因片段的產物
基因片段 蛋白 功能
1 PB2 多聚酶成分
2 PB1 多聚酶成分
3 PA 多聚酶成分
4 HA 血凝素、病毒附著蛋 白、融合蛋 白、中和抗體的靶位
5 NP 核殼蛋白
6 NA 神經氨酸酶（裂解唾液酸及啟動病毒的釋放）
7 M1 基質蛋白，病毒結構蛋白（介於衣殼與包膜之間啟動裝配）
M2 膜蛋白（形成膜通道和金剛烷胺的靶點，促進脫殼及產生HA）
8 NS1 非結構蛋白（抑製細胞mRNA轉錄）
NS2 非結構蛋白（很重要，但功能尚不清）
2、包膜有兩層結構，由內向外，位於核蛋白與包膜脂質雙層之間的是內層基質蛋白（亦稱M1蛋白），具有保護核心與維持病毒外形的作用，並可促進病毒裝配；位於基質蛋白之外的是脂質雙層，來源於宿主細胞膜，包膜中鑲嵌著膜蛋白（亦稱M2蛋白），形成膜通道，利於病毒脫殼及HA的產生，並能選擇性地從該部位出芽釋放病毒。 M蛋白抗原性較穩定，具有型特異性。在包膜上鑲嵌著兩種刺突，即血凝素（HN）和神經氨酸酶（NA），兩者的數量之比為1：5，均為病毒編碼的糖蛋白。它們是劃分流感病毒亞型的依據，抗原性極易變異。
（1）HA：與病毒吸附和穿入宿主細胞有關，因能凝集紅細胞而得名。HA占病毒蛋白的25%，呈柱狀，為三聚體。每個單體的原始肽鏈HAO必須經細胞蛋白酶裂解活化後，形成二硫鍵連接的HA1和HA2兩個亞單位，病毒才具有感染性。HA1可與上皮細胞表麵寡聚糖末端的唾液酸受體結合；HA2疏水端具有膜融合活性，因而病毒經吸附於敏感細胞被吞飲後，HA2可促進病毒包膜與細胞質膜的融合釋放核衣殼。能與人、雞、豚 鼠等多種紅細胞表麵的N-乙酰神經氨酸（唾液酸）受體結合引起紅細胞凝集（簡稱血凝）。HA具有免疫原性，誘導的相應抗體為血凝抑製抗體，能抑製血凝現象和中和病毒感染性，為保護性抗體。
（2）NA：為糖蛋白，四聚體，呈蘑菇狀，具有酶活性。NA占病毒蛋白的5%，主要作用於宿主細胞表麵糖蛋白末端神經氨酸與相鄰糖基的連結鏈，使其斷裂，破壞細胞膜上病毒特異受體，使病毒從感染細胞膜上解離，有利於成熟病毒的釋放和集聚病毒的擴散，但不能中和病毒的感染性。NA具有抗原性，其相應抗體能抑製酶的水解作用。
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