結核分枝杆菌可經呼吸道、消化道、破損的皮膚黏膜等多種途徑進入機體，侵犯多種組織器官，引起相應部位的結核病，其中以通過呼吸道引起的肺結核最常見。傳染源主要是排菌的肺結核患者，尤其是痰塗片陽性、未經治療的病人。
1、肺部感染：由於感染菌的毒力、數量、侵入次數和機體的免疫狀態不同，肺結核分為原發感染和原發後感染兩大類 。
（1）原發感染：多發生於兒童及未受過感染的成人，是首次感染結核分枝杆菌後引起的。當細菌進入肺泡後即被巨噬細胞吞噬，由於菌體成分有大量脂質，可抵抗巨噬細胞溶酶體酶的殺菌，而在其中生長繁殖，導致巨噬細胞裂解，釋放出大量的細菌在肺泡中引起滲出性炎症，稱為原發灶 。原發灶一般多見於肺上葉下部和下葉上部。初次感染的機體因缺乏特異性免疫，原發灶內的細菌常經淋巴管到達肺門淋巴結，引起肺門淋巴結腫大，稱原發綜合征。此時，可有少量結核分枝杆菌進入血液，由原發病灶向全身擴散，但不一定有明顯症狀（稱隱性菌血症）；與此同時，灶內巨噬細胞將特異性抗原遞呈給周圍淋巴細胞。感染3—6周，機體產生特異性細胞免疫，同時也出現超敏反應。病灶中細菌的細胞壁磷脂，一方麵刺激巨噬細胞轉化為上皮樣細胞，另一方麵抑製蛋白酶對組織的溶解，使病灶組織溶解不完全，產生幹酪樣壞死，進一步形成結核結節。感染後約5%可發展為活動性肺結核，其中少數患者因免疫力低下，可經血和淋巴係統，播散至骨、關節、腎、腦膜及其他部位引起相應的結核病。90%以上的原發感染形成纖維化或鈣化，不治而愈。但病灶內仍有一定量的結核分枝杆菌長期潛伏，不斷刺激機體 產生免疫，同時也成為以後 內源性感染的病源 。
（2）原發後感染：又叫繼發感染，多發生於成年人，病變亦以肺部為多見。病菌可以是外來的（外源性感染），亦或原來潛伏在原發病灶內的（內源性感染）。由於機體曾感染過結核分枝杆菌，有特異性細胞免疫，故原發後感染的特點是肺門淋巴結不腫大，結核病灶局限，多見於肺尖部。局部病變為慢性肉芽腫性炎症，並形成結核結節。因機體對該菌已有遲發型超敏反應，易發生幹酪樣壞死，甚至液化形成空洞，呈慢性過程。一般不累及鄰近的淋巴結，也不易發生全身性播散，被纖維素包圍的幹酪樣壞死灶可鈣化而痊愈。
典型肺結核起病緩慢，病程經過較長，有低熱、乏力、盜汗、食欲不振、體重減輕、咳嗽和少量咯血。當炎症波及壁層胸膜時，相應胸壁有刺痛，可隨呼吸和咳嗽而加重。慢性重症肺結核時，呼吸功能受損，可出現漸進性呼吸困難，甚至發紺。伴發氣胸或大量胸腔積液時，可出現急驟的呼吸困難。但多數患者病灶輕微，常無明顯症狀，僅在健康體檢時通過X線檢查發現。
2、肺外感染部分患者結核分枝杆菌可經血液、淋色液擴散到肺外組織，引起相應器官結核病，如腦。腎、骨、關節、生殖器官等結核。如痰菌被咽入消化道引起腸結核、結核性腹膜炎；通過破損皮膚感染結核分枝杆菌導致皮膚結核。免疫力極度低下者如艾滋病人，結核分枝杆菌可造成全身播散。近年有許多報道，肺外結核標本中結核分枝杆菌多呈L型，應引起高度重視。
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