為保證藥品的微生物檢測檢驗的質量，必須對所有的檢測方法進行驗證，隻有檢測方法驗證確認後才能確保驗證結果的準確、可靠。我國的《藥品生產質量管理規範》（1998年修訂）第五十八條規定：“產品的生產工藝及關鍵設施、設備應按驗證方案進行驗證。當影響產品質量的主要因素，如工藝、質量控製方法、主要原輔料、主要生產設備等發生改變時，以及生產一定周期後，應進行再驗證。第五十九條：應根據驗證對象提出驗證項目、製定驗證方案，並組織實施。驗證工作完成後應寫出驗證報告，由驗證工作負責人審核、批準。第六十條：驗證過程中的數據和分析內容應以文件形式歸檔保存。驗證文件應包括驗證方案、驗證報告、評價和建議、批準人等”。
《中國藥典》（2005年版）附錄《藥品質量標準分析方法驗證》中明確指出：“藥品質量標準分析方法驗證的目的是證明采用的方法適合於相應檢測要求，在建立藥品質量標準時，分析方法需經驗證；在藥品生產工藝變更、製劑的組分變更、原分析方法進行修訂時，則質量標準分析方法也需進行驗證。方法驗證理由、過程和結果均應記載在藥品標準起草說明或修訂說明中”。此外，《中國藥典》（2005年版）的藥品無菌檢查法和微生物限度檢查法中也明確規定了無菌檢查法方法驗證試驗和微生物限度檢查法方法的驗證內容：“當供試品為新的產品或供試品的檢驗條件發生改變時，應進行方法驗證試驗，以確認供試品在該實驗條件下無抑菌活性或其抑菌活性可以忽略不計。驗證時，按“供試品的無菌檢查”的規定及下列要求進行操作。供試品對每一試驗菌的抑菌程度應逐一進行驗證”；“當供試品為新的產品或供試品的檢驗條件發生改變時，應進行方法驗證試驗，以確認供試品的抑菌活性及測定方法的可靠性。驗證時，按供試品的製備和細菌、黴菌及酵母菌計數所規定的方法及下列要求進行。對各試驗菌的回收率應逐一進行驗證”。為何規定要進行方法學的驗證？這是由於許多藥品本身具有抑菌性（如抗生素類藥品、含防腐劑藥品）會對檢查結果帶來影響，因此在進行微生物檢測前，需要對樣品進行適當的預處理以消除樣品本身對微生物檢測所帶來的幹擾。同樣，樣品的預處理方式、檢驗條件和培養條件也都會影響到樣品的微生物檢測結果。因此，在確定新產品的微生物學檢驗時或開發新的檢測方法時或原有檢驗條件發生改變時必須要加以驗證，以確保在新產品的微生物學檢驗時或開發新的檢測方法時或原有檢驗條件發生改變時的實際檢驗條件下，其檢驗方法的準確性、有效性和重現性。
目前雖然在食品、化妝品等行業的微生物檢測中尚沒明確規定要進行方法學的驗證，但正如在緒論中指出的驗證是能證明任何程序、工藝、設備、物料、活動、或係統確實能導致預期結果的文件證明的行為。因此其原理與方法同樣適用這些行業，因為檢測本身就是一項嚴謹、認真、準確、有效的科學工作。
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