研究已經表明，有許多因素可以影響消毒劑的消毒效果，了解影響消毒劑效力的主要因素，有助於在配製、貯存和使用過程中對消毒劑加以妥善正確處理，以確保其維持最強的殺菌效力。
（一）pH
pH的改變可以從兩方麵影響殺菌效果，一是對消毒劑的作用，可以改變其溶解度、離解程度和分子結構；二是對微生物的影響，大多數微生物能生長的pH範圍是6—8，pH過高或過低對微生物的生長均有影響。例如，戊二醛的殺菌作用與其和氨基反應有關，這種反應在pH>=7時最迅速，所以戊二醛雖然在酸性pH時穩定，但在堿性pH時殺菌作用強。在堿性pH時，細菌帶的負電荷增多，有利於陽離子型消毒劑發揮作用，對於陰離子型消毒劑來說，在酸性條件下效果好，因為此時細菌表麵的負電荷減少。
（二）溫度
溫度是影響消毒劑效力的另一重大因素，消毒速度一般隨溫度的升高而加快，但溫度變化對各種消毒劑影響的大小不同。一般來說，如果溫度按等差級數增加，則殺菌速度按幾何級數增加。
（三）有機物
有機物常以血清、血液、膿液、痰液、泥土、食物殘渣、糞便、培養基成分等形式出現， 其存在可幹擾消毒劑的殺微生物作用，原因主要有兩方麵：①有機物在微生物的表麵形成一層保護層，妨礙消毒劑與微生物的接觸，或延遲消毒劑的作用，甚至使微生物逐漸產生對藥物的適應性；②有機物可中和一部分消毒劑，消毒劑被有機物消耗後，則對微生物的作用濃度降低。
（四）表麵活性劑和金屬離子
大分子聚合物和非離子表麵活性劑可以降低對羥基甲酸脂類和季銨鹽類消毒劑的作用，在有吐溫存在時，需要加大消毒劑的濃度。陰離子表麵活性劑可以降低季銨鹽類和洗必泰的消毒作用，因此應注意不能將新潔爾滅等消毒劑與肥皂及陰離子洗滌劑合用。
金屬離子的存在對消毒效果也有一定的影響，可以降低或增加消毒作用。在存在低濃度二價陽離子時，陰離子表麵活性劑對葡萄球菌的抗菌作用加強，在存在Mg、Ca、Ba離子時，長鏈脂肪酸的殺菌作用大大降低。由於Mg、Ca離子對一些消毒劑的消毒效果有影響，所以目前在消毒學試驗中廣泛使用硬水，以便使研究的消毒劑在硬水地區也能使用。
（五）水
消毒劑配製用水的質量會影響消毒劑的殺菌效力。水的硬度、微生物和化學物質均會對消毒劑的效力產生不良影響，因此，建議用純化水配製消毒劑；由於消毒劑的穩定性和殺菌效力會隨其濃度和儲藏條件而變化，因此，使用者必須按照生產商的要求配製、儲存和使用消毒劑。
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