清潔和消毒工藝的監控與評價是良好的微生物檢控係統的體現，藥品、食品、化妝品等不僅在生產過程中會受到微生物的汙染，在檢驗過程中也會被汙染，除非生產和實驗室設施的微生物汙染處於受控製狀態或者完全被消除（如采用隔離技術）。
破壞細菌營養體（細胞）或抑製細菌生長（細胞增殖）是控製微生物生長繁殖的兩種最基本方法。而在實際的控製過程中，可采取物理方法、化學方法來控製或處理。物理方法是通過物理手段將攜帶有微生物的粒子或廢物從控製性環境中清除，而化學方法則是用化學消毒劑將環境中的微生物殺滅或降低其在環境中的汙染程度。
習慣上，我們將能夠殺滅或抑製微生物生長的試劑（通常不能殺死芽孢）統稱為消毒劑，而這種方法與措施稱之為消毒。能殺滅所有微生物含殺死芽孢的方法與措施稱之為滅菌。為了適應現代醫藥工業、食品工業和化妝品等的衛生管理及控製要求，因此，使用消毒劑殺滅環境中微生物，是一項非常普遍與重要的工作，它對保證生產過程中免受或減少微生物汙染起重要保障作用。
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