一、裸甲藻屬
裸甲藻屬：藻體單細胞，卵圓形，無細胞壁，橫溝位於細胞中部，環狀或稍向左旋。營浮遊生活，運動時呈左右搖擺狀。細胞長15.6—31.2um，寬13.2—24um。下椎部的底部中央有明顯的凹陷，右側底端略長於左側。鞭毛2條，從橫溝和縱溝相交處的鞭毛孔伸出。色素體多數，盤狀、狹橢圓狀或棒狀，周生或輻射狀排列，呈黃色、褐色、綠色或藍色，有些種類無色素體。
世界廣布種，常見於溫帶和熱帶淺海水域，溫暖季節易大量繁殖，形成“赤潮”。
二、角甲藻屬
角甲藻屬植物體為單細胞，明顯不對稱。藻體長，前後延伸，上體部長，略呈等腰三角形，細胞前、後端都延伸成為長的角。頂角一個，後角2—3個，個。體長為100—200um，寬為30—50um。頂角與上體部無明顯分界線。橫溝部位最寬，呈環狀，平直，細胞腹麵中央為斜方形。鞭毛2條，從橫溝和縱溝相交處的鞭毛孔伸出。色素體多數，周生，呈圓盤狀，黃色、黃綠色、褐色。
世界性分布，典型的沿岸表層性種，廣泛分布於熱帶和寒帶海洋，是渤海、東海和南海習見種，在養魚池有時形成紅色水華。
三、多甲藻屬
多甲藻屬植物體為單細胞，細胞形狀多樣，球形，橢圓形、卵形等。細胞壁厚，甲片縫常很清楚，甲片上有小刺和隆起的網紋。鞭毛2條，從橫溝和縱溝相交處的鞭毛孔伸出。色素體多數，周生，顆粒狀、圓盤狀，呈黃色、褐色。
四、薄甲藻屬
薄甲藻屬植物體為單細胞，球形、卵形、圓錐形，上殼和下殼等大或不等大，橫溝環狀或略呈螺旋狀環繞，縱溝明顯，位於腹麵。胞壁厚，整塊或由大小不等 的多角形板片組成，板片平滑，具點紋、線紋或乳頭狀突起 。鞭毛2條，從橫溝和縱溝相交處的鞭毛孔分別伸出，色素體多數，圓盤狀、卵形，呈金色、黃綠色、褐色，少數種類五色素體。
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