（3）細胞分離培養：可選用McCoy、HEla-229、FL、HL等對衣原體敏感的長成單層的細胞，載體可用玻璃小瓶或塑料培養板，在底部可預置適當大小的蓋玻片。接種標本後，1800—3000g離心1h，促進EB進入細胞。吸附1h，吸去上清液，加入含放線菌酮0.5ug的1640維持液， 35℃CO2孵箱或密封培養，48—72h後取出蓋玻片，漂洗、甲醇固定後，可作吉姆薩、碘液或單克隆抗體熒光抗體染色，高倍顯微鏡或熒光顯微鏡下觀察包含體。必要時，亦可作盲目傳1—3代。
細胞培養法的敏感性為80%—90%，特異性為100%，是目前診斷沙眼衣原體感染最可靠的方法，因此是評價其他實驗室診斷方法的金標準。
（1）塗片檢測：包括結膜塗片和宮頸拭子塗片，前者可用吉姆薩染色或單克隆抗體熒光抗體染色，尋找包含體；後者可用單克隆抗體熒光抗體染色尋找塗片中的RB（始體）或EB顆粒。此法敏感性較低，與細胞培養法比較，敏感性僅為70%—80%，特異性為80%。但此法在於簡便易行。約需20min，但需有高質量的單克隆抗體和熒光顯微鏡，且觀察人員必須有豐富的經驗。
（2）ELISA檢測衣原體抗原此法應用的主要是結膜刮片、尿道和宮頸拭子，時間需2—3h。一般報告其敏感性為62%—98%，特異性為92%—98%。有經驗的實驗室人員，診斷泌尿生殖道衣原體感染時，其敏感性為細胞培養的70%—80%。但經不斷改進後的多家公司生產的診斷試劑，其敏感性已提高到85%—90%。
（3）快速診斷試劑：最近出現了一些快速診斷試劑，例如美國加利福尼亞州新傳生物技術公司生產的CHLAMYGEN衣原體快速診斷試劑盒是一種酶反應檢測係統，含有一合成底物，預置於特製的拭子上。用此拭子采集尿道或官頸的上皮細胞，滴加所附試劑A和B各2滴於拭子上，等待10min，再滴加2滴試劑C，1min內出現紫色者為陽性。全過程隻需12min，確實快速 。與細胞培養法相比，其敏感性為97.2%，特異性為99.2%。但一些專家認為，目前的一些快速診斷試劑，還都存在著敏感性和特異性方麵的問題。
（3）檢測特異性抗體———微量免疫熒光檢測法：Wang等創建的微量免疫熒光（MIF）技術，是檢測衣原體抗體較好的方法。此項技術可作分離物的血清學分型，也可嚴格應用於血清流行病學的研究。它可給人們提供多方麵有用的資料：臨床致病譜和感染的後果，在不同人群中流行病學的分布。這是一種主觀性較強的試驗，因此觀察者需要有豐富的實踐經驗。一般認為此法不適用於診斷衣原體的早期感染，且敏感性和特異性均不高。然此法作為流行病學調查，頗為簡便。
用此法測定的型抗原是位於衣原體表麵的表麵抗原。可用強堿處理（pH12.5，37℃，1h），溶解於氯仿一 甲醇一水中，分層提取脂類 。該型抗原不會被1%胰酶、鏈黴蛋白酶或過碘酸鹽所破壞，是與蛋白質結合的類脂半抗原。微量免疫熒光技術把沙眼衣原體共分為15個血清型：即A、B、Bb 、C、D、E、F、G、H、I、J、K和L1、L2、L3，前12型稱為沙眼包含體結膜炎衣原體，後3型為淋巴肉芽腫衣原體。
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