真菌感染的臨床標本多數采用不染色直接鏡檢，可查到菌絲和孢子。有些深部感染真菌形態特殊，菌體較小，必須染色後才能更清楚地觀察到其形態和結構。皮屑內的疊瓦癬菌及球孢子菌的菌絲在染色後關節孢子較為明顯。尤其組織病理檢查尋找菌體，更需要特殊染色。此外，染色標本有利於保存塗片，便於教學應用。
1、材料
①標本。甲屑、皮屑、毛發等固體標本；膿汁、尿沉渣、分泌物等液體標本。
②革蘭染色液、瑞氏染色液、姬氏染色液、印度墨汁。
2、方法
（1）染色標本的製作標本是分泌物、膿汁、腦脊液，與細菌染色標本處理相同。臨床病理標本如皮屑、甲屑、毛發等標本過厚時，須先用100—200g/lNaOH或KOH溶液處理5—20min，然後再在蓋玻片一端加染色液，另一端用吸水紙緩慢地將100—200g/lNaOH或KOH溶液吸去，直到真菌染上色為止，最後封固。如標本是培養物，先在載玻片上滴上一滴100—200g/lNaOH或KOH溶液，然後輕輕地從菌落鉤取菌絲，置於100g/lNaOH或KOH溶液中，用接種針輕輕分開，盡量保持菌絲原來的特殊結構，然後放上蓋玻片，微微加熱，加壓排出氣泡，之後進行染色。
（2）染色方法：臨床標本也可用革蘭染色、瑞氏染色、姬氏染色等方法鏡檢，後兩種染色多限於檢出骨髓和外周血片中的莢膜組織胞漿菌。印度墨汁標本片常用於新型隱球菌莢膜負染色。裴氏染色為細胞學的一種染色方法，染液包括蘇木素、伊紅等染料，病人痰標本染色後酵母細胞胞質呈深色。胞壁無色。過碘酸-SchMF（PAS）和環六亞甲基四胺硝酸銀染色為組織切片染色法。癬病標本多用KOH濕片檢查，也可用熒光素染色，在熒光顯微鏡下觀察。
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