利用電子顯微鏡負染標本檢測病毒，其優點為：可直接檢測標本，簡便易行；反差好，能提高分辨率；直觀地顯示組織或細胞內的病毒，染色後病毒仍保持活性。缺點是：機器價格昂貴，技術要求高，不太適用於常規病毒學診斷試驗或大量標本的檢測；病毒量較大時才易得到陽性結果，應用範圍有限，且不能鑒別病毒的血清型。
1、原理
負染方法是利用染液裏的重金屬離子為“染料”，由於病毒標本較重金屬離子電子密度低。電子柬對重金屬離子和病毒標本穿透能力不同，從而使病毒呈現明亮清晰的結構。
2、材料
①20g/l磷鎢酸（PTA）。用雙蒸餾水配製20g/l磷鎢酸溶液，用1mol/lNaOH校正pH值為6.8。
②塗有炭及聚乙烯醇縮甲醛的銅網。
③平皿、濾紙、遊絲鑷子、微量毛細管。
3、操作方法
（1）標本製備
①血清。血清0.2—1.0ml，用等量蒸餾水稀釋，1500r/min離心，棄上清。沉澱重新懸浮，以肉眼可見折光為宜。
②糞便。取糞便，製成1%懸液，3000r/min離心15—30min，棄沉澱。取上清1500r/min離心30—60min。取沉澱負染或免疫電鏡觀察。
③尿液。取尿液5—10ml，3000r/min離心30—60min，棄沉澱。取上清液1500r/min離心60min，沉澱稀釋後負染電鏡檢查。
④痰液。痰液標本製備較困難，因為痰液中黏液擾亂背景。必要時，用磷酸鹽緩衝液（PBS）1：4稀釋。用勻漿器勻化後1500r/min離心60min，沉澱負染電鏡觀察。
⑤腦脊液。蒸餾水等量稀釋，負染電鏡觀察。
⑥絨毛尿囊液。接種病毒培養的尿囊液1500r/min離心60min，沉澱負染電鏡觀察。
⑦細胞培養。疑似病毒感染的細胞培養連同培養液一起收獲，凍融數次或超聲波破碎後，1500r/min離心60min，沉澱負染電鏡觀察。
⑧組織塊。用勻漿器或乳缽研磨，1500r/min離心60min，沉澱負染電鏡觀察。
（2）PTA染色:處理後的標本滴在銅網上，濾紙吸去多餘標本，滴加PYA染液，濾紙吸去多餘染料，幹燥後電鏡觀察。
4、結果
顯現病毒形態、結構。
5、注意事項
①超速離心後上清液必須充分吸幹再用雙蒸餾水製成懸液，否則殘留的蛋白質幹擾病毒顆粒的觀察。
②磷鎢酸不能殺滅病毒，故標本製備後應在火焰上或沸水中消毒，用過的鑷子、銅網也應消毒。 ③用過的銅網應用濾紙充分吸幹殘留標本，以免汙染其他標本出現假陽性。
④對未知病毒應將標本稀釋不同倍數，選用清晰的懸液。
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