根據目前微生物分類學中使用的技術和方法，可把它們分成四個不同的水平：①細胞形態和行為水平；②細胞組分水平；③蛋白質水平；④基因組水平。
在微生物分類學發展的早期，主要的分類鑒定指標是以細胞形態和習性為主，可稱為經典的分類鑒定法。其他三種實驗技術主要是20世紀60年代以後采用的，稱為化學分類和遺傳學分類法，這些方法再加上數值分類鑒定法，可稱為現代的分類鑒定方法。
經典分類法是一百多年來進行微生物分類的傳統方法。其特點是人為地選擇幾種形態生理生化特征進行分類，並在分類中將表型特征分為主、次。一般在科以上分類單位以形態特征、科以下分類單位以形態結合生理生化特征加以區分。最後，采用雙歧法整理實驗結果，排列一個個的分類單元，形成雙歧檢索表。
A、 能在60°以上生長
B、細胞大，寬度1.3—1.8um…………………………………………1、熱微菌屬
B.B細胞小，寬度0.4—0.8um
C.能以葡萄糖為碳源生長
D.能在pH4.5生長………………………………………………2、熱酸菌屬
DD.不能在pH4.5生長……………………………………………3、棲熱菌屬
CC、不能以葡萄糖為惟一碳源生長………4、棲熱嗜油菌屬（棲熱嗜獅菌）
AA 、不能在60°以上生長
應用BIOLOG-GN儀檢測分離菌株對眾多碳源的利用情況判斷分離菌株的分類地位，近年來也時有應用。在BIOLOG-GN儀上有96個小孔，其中95孔內分裝有95種不同碳源的緩衝液，1孔為無碳源的緩衝液對照，各孔接入適宜菌濃度和液量的分離菌株培養物，定溫培養，每日定時讀取BIOLOG-GN儀計算機上各碳源利用情況，一般為時1周，BIOLOG-GN儀可顯示出該鑒定菌株的最可能歸屬。
上一篇：微生物鑒別的依據
下一篇：微生物鑒定的技術與方法—數值分類法
