1、細胞壁組分分析
細胞壁組分分析首先應用於放線菌分類中，把它作為區分“屬”的依據之一。它比單純用形態進行分類更全麵。近年來，有人對18個屬的放線菌 的細胞壁進行了分析，根據細胞壁的氨基酸組成，將其分為6個細胞壁類型，又根據細胞壁的糖的組成分成4個糖類型，在此基礎上，結合形態特征提出了相應的科屬檢索表。
2、紅外光譜
一般認為，每種物質的化學結構都有特定的紅外光譜。若兩個樣品的吸收光譜完全相同，可以初步認為它們是同一種物質。因此，紅外光譜技術被應用到微生物的分類中。它先後對芽孢杆菌、乳酸菌、大腸杆菌、酵母菌進行分類，近年來又應用於放線菌分類中。
根據有關學者的試驗表明，這種方法簡便快速，樣品少，結果較好，不僅可以初步了解各屬菌的細胞成分的化學性質，同時也有助於微生物間係統發育關係的探索。但是它也有不足之處，借助於紅外線光譜區分屬內的種和菌株是困難的，但可以作為“屬”的分類特征。
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