3、生態學特征
生態學特征主要包括它與其他生物之間的關係（是寄生還是共生，寄主範圍以及致病的情況）。在自然界的分布情況（pH情況、水分程度等）、滲透壓情況（是否耐高滲、是否有嗜鹽性等）。
4、血清學反應
很多細菌有十分相似的外表結構（如鞭毛）或有作用相同的酶（如乳酸杆菌屬內各種細菌都有乳酸脫氫酶）。雖然它們的蛋白質分子結構各異，但在普通技術下（如電子顯微鏡或生化反應），仍無法分辨它們。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應，就可用來鑒別相似的菌種，或對同種微生物分型。
用已知菌種、型或菌株製成的抗血清，與待鑒定的對象是否發生特異性的血清學反應來鑒定未知菌種、型或菌株。
該法常用於腸道菌、噬菌體和病毒的分類鑒定。利用此法，已將傷寒杆菌、肺炎鏈球菌等菌分成數十種菌型。
5、生活史
生物的個體在一生的生長繁殖過程中，經過不同的發育階段。這種過程對特定的生物來講是重複循環的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。
各種生物都有自己的生活史。在分類鑒定中，生活史有時也是一項指標，如黏細菌就是以它的生活史作為分類鑒定的依據 。
6、對噬菌體的敏感性
與血清學反應相似，各種噬菌體有其嚴格的宿主範圍。利用這一特性，可以用某一已知的特異性噬菌體鑒定其相應的宿主，反之亦然。
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