在傳統的分類鑒定中，微生物分類鑒定的主要依據是形態學特征、生理生化反應特征、生態學特征以及血清學反應、對噬菌體的敏感性等。在鑒定時，我們把這些依據作為鑒定項目，進行一係列的觀察和鑒定工作。
1、形態學特征
（1）細胞形態
在顯微鏡下觀察細胞外形大小、形狀、排列等，細胞構造，革蘭氏染色反應，能否運動、鞭毛著生部位和數目，有無芽孢和莢膜、芽孢的大小和位置，放線菌和真菌的繁殖器官的形狀、構造，孢子的數目、形狀、大小、顏色和表麵特征等。
（2）群體形態
群體形態通常是指以下情況的特征：在一定的固體培養基上生長的菌落特征，包括外形、大小、光澤、黏稠度、透明度、邊緣、隆起情況、正反麵顏色、質地、氣味、是否分泌水溶性色素等；在一定的斜麵培養基上生長的菌苔特征，包括生長程度、形狀、邊緣、隆起、顏色等；在半固體培養基上經穿刺接種後的生長情況；在液體培養基中生長情況，包括是否產生菌膜，均勻渾濁還是發生沉澱，有無氣泡，培養基的顏色等。如是酵母菌，還要注意是成醭狀、環狀還是島狀。
2、生理生化反應特征
（1）利用物質的能力
包括對各種碳源利用的能力（能否以CO2為唯一碳源、各種糖類的利用情況等）、對各種氮源的利用能力（能否固氮、硝酸鹽和銨鹽利用情況等 ）、能源的要求（光能還是化能、氧化無機物還是氧化有機物等）、對生長因子的要求（是否需要生長因子以及需要什麽生長因子等）。
（2）代謝產物的特殊性
這方麵的鑒定項目非常多，如是否產生H2S、吲哚、CO2、醇、有機酸，能否還原硝酸鹽，能否使牛奶凝固、凍化等。
（3）與溫度和氧氣的關係
測出適合某種微生物生長的溫度範圍以及它的最適生長溫度、最低生長溫度和最高生長溫度。對氧氣的關係，看它是好氧、微量好氧、兼性好氧、耐氧還是專性厭氧。
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