鑒定菌種，至少要具備下麵3個條件：
1、待鑒定的菌種一定是純種
如果菌種不純，所觀察到的現象則是混合現象，這樣自然不會得到正確的結果。因此，在鑒定之前，首先要將菌種純化。純化方法一般有兩種：一是平板劃線單菌落分離法，一是單細胞分離法。前一種操作簡便，效果良好，使用範圍廣。
2、根據鑒定對象，選一本比較好的鑒定手冊
鑒定時以此手冊為標準，開展鑒定工作。根據多數人的經驗，在細菌鑒定方麵使用《伯傑氏鑒定細菌學手冊》一書較為合適。在具體鑒定時，可參看中國科學院微生物研究所細菌分類組編著的《一般細菌常用鑒定方法》一書。在放線菌鑒定方麵，可以參看中國科學院微生物研究所分類組編著的《鏈黴菌鑒定手冊》一書。真菌的鑒定，可以參看中國科學院微生物研究所編著的《常見與常用真菌》一書。荷蘭羅德的《酵母的分類研究》一書，對酵母菌的分類有很大的實用價值。
3、要有合適的鑒定方法
微生物種類繁多，特征各異，性狀有主次之分。因此，在鑒定某種微生物時，要選用合適的鑒定方法，確定主要的測試項目。鑒定的微生物若是黴菌，則菌落形態觀察十分重要；若是酵母菌，有性繁殖的方式和生理生化特征中的糖的發酵和同化、硝酸鹽的同化就是主要指標。
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