近年來在真菌分類方麵，趨向於采用埃斯沃斯等人的《真菌學辭典》所介紹的分類係統。該分類係統認為真菌不屬於低等植物，而是屬於單獨成立的真菌界。界以下分為黏菌門和真菌 門。真菌門再分為5個亞門：
1、鞭毛菌亞門
營養體單細胞或沒有隔膜的菌絲體。孢子或配子，其中之一是可遊動的。根據鞭毛的數目和位置，下分為3個綱：壺菌綱、絲壺菌綱和卵菌綱。
2、接合菌亞門
營養體是菌絲體，有性繁殖形成接合孢子。沒有遊動孢子。根據生活習性或生態特征可分為2個綱：接合菌綱和毛菌綱。
3、子囊菌亞門
營養體是有隔膜的菌絲體，極少數是單細胞。有性繁殖形成子囊和子囊孢子。此亞門不分綱，直接分37個目。
4、擔子菌亞門
營養體是有隔膜的菌絲體。有性繁殖形成擔孢子。根據擔子果的有無以及開裂與否，分為4個綱：層菌綱、腹菌綱、鏽菌綱和黑粉菌綱。
5、半知菌亞門
營養體是有隔膜的菌絲體或單細胞。隻有無性繁殖階段，沒有或還沒有發現其有性繁殖階段。根據菌絲體有無、發育程度以及分生孢子產生的場所不同，分為2個綱：絲孢菌綱和腔孢菌綱。
關於酵母，雖然從係統分類上講，它是分屬於真菌的有關亞門中，但由於研究酵母的分類方法較研究一般絲狀真菌特殊，更多地采用生理性狀，因而逐漸形成了自己獨特的分類係統。目前比較普遍采用的一種分類係統是羅德的酵母分類係統。在1970年出版的《酵母的分類研究》一書中，記載了37個屬，392個種。根據有無有性過程，能否形成子囊孢子、擲孢子、擔孢子、冬孢子以及孢子的數目、特點、形狀等特征，將這些屬種分別歸為4大類：
第一類：能產生子囊孢子的酵母，歸入子囊菌綱的原子囊菌亞綱的內孢黴目的3個科內。這3個科是：內孢黴科、酵母菌科和蝕精黴科。共22個屬，179個種。
第二類：能產生冬孢子和擔孢子的酵母，歸入擔子菌綱異擔子菌亞綱的黑粉菌目的黑粉菌科內，共2個屬，7個種。
第三類：能產生擲孢子的酵母，歸人擔子菌綱中不依附於其他目的擲孢酵母科內， 共3個屬，14個種。
第四類：不產生子囊孢子、冬孢子和擲孢子的酵母，其有性生殖已經喪失或未被發現。這一類酵母歸入半知菌類中的叢梗孢目的隱球酵母科內。共12個屬，170個種。
另一種較為普遍采用的酵母菌分類係統是由克潤傑在1984年所提出。根據他的分類，酵母菌已增為58個屬，500多個種。他把酵母分為3大類：
第一類：子囊菌酵母，包括1個 目，2個科，34個屬。
第二類：擔子菌酵母，包括1 個 目，1個科，7個屬。
第三類：半知菌酵母，包括2個科，17個屬。
關於真菌的分類研究，在國內也有不少人做專門研究。其中以中國科學院微生物研究所的一些真菌分類專家為代表，並有不少這方麵的專著，如《常見與常用真菌》等。
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