目前國際上公認和普遍采用的細菌分類係統是伯傑氏分類係統。“原核生物”係統是近年來根據16rsRNA序列同源性建立的係統發育體係。另外還有一些以應用為目的的分類係統，如Prevot分類係統以生理特征為依據，應用於厭氧細菌；以醫學細菌鑒定為目的的《醫學細菌鑒定手冊》。
伯傑氏細菌鑒定手冊是本分類係統的標準指南，由美國細菌學家協會（現在的美國微生物學會）發起編寫，最初指定伯傑作為編委會主席，並在1923年出版了手冊的第1版，定名為《伯傑氏鑒定細菌學手冊》。隨著細菌分類學研究的深入和發展，相繼在1925，1930，1934，1939
1974和1994年出版了第2至9版。經過幾十年的修訂和補充使得該手冊被國際上的細菌學家普遍接受和采用。
1984年至1989年陸續出版的4卷《伯傑 氏係統細菌學手冊》，在著重於表觀特征描述的基礎上，結合化學分類、數值分類，特別是DNA相關性分析，以及16SrRNA寡核苷酸序列分析在生物種群間的親緣關係研究中的應用，對細菌作了詳細的闡述，體現了細菌分類的研究從表觀向係統發育體係的發展。除此以外，還附有每個菌群的生態、分離、保藏及鑒定方法。手冊主要依據表型將細菌劃分為35群，所包含的菌群中除了1980年發表的《批準的細菌名稱 目錄》的屬外，還包括了目前還未生效的種群，甚至一些沒有正式分類命名的如與昆蟲共生的不可培養的細菌，目的是激發細菌學家注意研究這些被忽視的種群。該手冊將所有細菌歸屬於原核生物界，並根據季伯斯等人提出的細菌高級分類單位的建議，將細菌分為4個門：
（1）薄壁菌門
暗細菌綱
不產氧光合細菌綱
產氧光合細菌綱
（2）厚壁菌門
厚壁菌綱
放線菌綱
（3）軟壁菌門
柔膜菌綱
（4）疵壁菌門
古細菌綱
該手冊分4卷，第一卷關於一般醫學或工業上重要的革蘭氏陰性細菌（11群 ），第二卷關於除放線菌外的革蘭氏陽性細菌（8 群），第三卷關於古生菌、藍細菌和其他革蘭氏陰性細菌（8 群），第四卷關於放線菌（8 群）。
1994年出版的《伯傑 氏鑒定細菌學手冊》第9版幾乎是《伯傑 氏係統細菌學手冊》的縮寫版，除了對細菌各屬關鍵表觀特征的描述外，屬內各種的鑒定特征以表格的形式出現。這對於鑒定工作十分方便。鑒定手冊共包括35群細菌，群的劃分根據表觀特征如形態、生理和營養類型。
據悉將要出版的《伯傑氏係統細菌學手冊》第2版將分為5卷，其分類體係按16SrRNA的係統發育關係進行編排。第2版將原核生物分為30組。5卷的內容大致安排如下：
第一卷：1—14組，包括古生菌、藍細菌、光合細菌和最早分支的屬；
第二卷：15—19組，包括變形杆菌（屬G-真細菌類）；
第三卷：20—22組，包括低G+C含量的G+細菌；
第四卷：23組，包括高G+C含量的G+細菌（放線菌類 ）；
第五卷：24—30組，包括浮黴狀菌、螺旋體、絲杆菌和梭杆菌。
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