近年來，隨著基因序列資料的豐富，有些學者建議，把DNA同源性的大小作為劃分種的依據，把DNA同源性雜交在60%—70%以上，或者16rsRNA序列同源性達97%以上的菌株定為一個種。這一定種標準雖然有其科學性，但在微生物分類中，目前仍難以普遍采用。
在種以下還可分為亞種、變種、菌株和型等。
亞種是分類單位中最低的分類等級。變種是亞種的同義詞，因易引起詞義上的混淆，自 1976年以後種的亞等級改為使用亞種，而不再使用變種。
亞種：我們從自然界中分離得到的某一微生物的純種，必須與文獻上記載的典型種的特征完全一致，才能鑒定為同一個種。實際上有時分離到的純種，除了大多數指標符合典型種的特征外，還有某一個顯然不同的特征，而此特征又是穩定的。我們就把這種微生物稱為典型種的“亞種”。巨大芽孢杆菌是以巴氏1884年原始報告為標準。1953年有人從土壤中分離到一株分解有機磷能力很強的巨大芽孢杆菌，而且性狀穩定，因此將它稱為巨大芽孢杆菌亞種，稱之為巨大芽孢杆菌解磷亞種。
型：在自然界中，同一地區也可能有同一種微生物的各種類型同時存在著。它們彼此之間的區別往往不像亞種那樣顯著，一般往往表現在菌體的化學組分（抗原等結構上），如傷寒杆菌應用噬菌體反應可分為20多個型；結核分枝杆菌依其寄主的不同，可分為人型、牛型和禽型。
型常用於亞種以下的細分。
菌株或品係：“菌株”這個名稱在實際中應用很廣。它是指來源不 同的同一個種的純培養物。由於世界上不存在兩個絕對相同的個體，因而從自然界中分離到的微生物純培養物，盡管它們同屬一個種，但由於來源不 同，總會表現出細微的差異。為了表現出這些細微的差異和工作方便，我們就采用菌株或品係這個名稱來代表某個具體的微生物純培養物。這樣，從自然界中分離到的每一個微生物純培養物都可以稱為一個菌株或品係。
上一篇： 微生物的分類單元
下一篇：微生物的分類單元—3
