和傳統的高等動、植物分類一樣，目前微生物的分類單元也依次分為界、門、綱、目、科、屬、種。這是分類中所用的主要分類等級單元。有時在兩個主要分類單元之間，可添上次級分類單元，如“亞門”、“亞綱 ”、“亞 目”、“亞科 ”、“亞屬 ”等。在科與屬之間有時還可有“族 ” 一級。
以啤酒酵母為例，它在分類學上的地位是：
門：真菌 門
綱：子囊菌綱
亞綱：原子囊菌亞綱
目：內孢黴 目
科：內孢黴科
亞科：
屬：酵母屬
種：啤酒酵母
屬以上的單元都有一定的詞尾。門的詞尾是-phyta，綱的詞尾是-myteces，目的詞尾是-ales，科的詞尾是-aceae，亞目的詞尾是-ineae，亞科的詞尾是-oideae。
在上述分類單元中，“種”是最基本的分類單位。什麽是微生物的“種 ”？雖然迄今為止還沒有一個統一的標準，但一般都認為：“種”是客觀存在的，相對穩定的；種內的個體都是來自共同的祖先，有著相近的親緣關係，同時在形態和生理特征上都表現出十分相似；然而由於各個個體所處的環境不同，彼此之間也存在著差異和不同程度的變異。當變異發展到一定程度，就會形成新的種。
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